基于perl 脚本的大豆核苷酸序列高通量提取 - 南京农业大学学报.pdf

摇 南京农业大学学报摇 2012,35(1):7-13 摇 Journal of NanjingAgricultural University http:/ / 試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試 张大勇,王长彪,易金鑫,等.基于Perl脚本的大豆核苷酸序列高通量提取[J].南京农业大学学报,2012,35(1):7-13 基于Perl脚本的大豆核苷酸序列高通量提取 1 2,3 1 1 1* 张大勇 ,王长彪 ,易金鑫 ,何晓兰 ,马鸿翔 (1.江苏省农业科学院江苏省农业生物学重点实验室,江苏 南京210014;2.山西省农业科学院棉花研究所, 山西 运城044000;3.山西省农业科学院生物技术研究中心,山西 太原030032) 摘要:自从大豆全基因组测序完成和序列公布之后,阐明每个基因的生物学功能和调控网络成为当前的主要任务。 基于 Perl脚本开发了一套可以高通量、快速提取序列的程序,该程序可以批量提取大豆染色体某个区间的核苷酸序列并利用其 他工具进行批量分析,还可用于某个基因在全基因组中的所有序列分析。 本研究分别对大豆第4染色体Glyma04g00930.1~ Glyma04g01740.1区间的基因序列和水通道蛋白基因家族成员 TIP(液泡膜水通道蛋白)序列进行提取。 结果发现: Glyma04g00930.1~Glyma04g01740.1区间共含有112个基因序列;大豆全基因组共有91个 TIP基因,在20 条染色体上均 有分布,且在第12染色体上分布最多,多达10个,暗示该染色体可能对大豆的水分利用效率起着重要作用,基因所含内含 子数为1~8个。 序列提取所用的2个脚本程序可以从http:/ / / sxbi/ soybean_strict.rar下载。 关键词:大豆全基因组;序列提取;序列分析;液泡膜水通道蛋白;Perl程序 中图分类号:S565.1;Q811.4摇 摇 摇 摇 文献标志码:A摇 摇 摇 摇 文章编号:1000-2030(2012)01-0007-07 Perl鄄based high鄄throughput nucleotide sequence extraction in soybean(Glycine max L.Merri) 1 2,3 1 1 1* ZHANG Da鄄yong ,WANG Chang鄄biao ,YI Jin鄄xin ,HE Xiao鄄lan ,MA Hong鄄xiang (1.Key Laboratory of Agrobiology of Jiangsu Province,Jiangsu Academy of Agricultural Sciences,Nanjing210014,China; 2.Cotton Research Institute,Shanxin Academy of Agricultural Sciences,Yuncheng044000,China;3.Biotechnology Research Center,Shanxi Academy of Agricultural Sciences,Taiyuan030032,China) Abstract::With the completely sequencing and publishing of soybean genome sequence,elucidating the biological function and regulationwebof eachgenebecome