药材与资源千里光全长cDNA文库的构建及分析.PDF

中草药 Chinese Traditional and Herbal Drugs 第 43 卷 第 3 期 2012 年 3 月 • 557 • • 药材与资源 • 千里光全长 cDNA 文库的构建及分析 平军娇，张 珍，蔡振锋，汤贤春，钱 刚* 遵义医学院 细胞生物学与遗传学教研室，贵州 遵义 563099 摘 要：目的 构建千里光全长 cDNA 文库，以期研究千里光的功能基因组学信息，为克隆药理学性状相关的功能基因提 供数据资源。方法 Trizol 法提取千里光叶片总 RNA ，通过 SMART （switching mechanism at 5’ end of RNA transcript ）构建 全长 cDNA 文库，随机挑取 600 个单克隆测序分析文库滴度、全长率及冗余率，得到的 EST 序列进行 Blast 分析（NR 、NT 、 6 Swiss-Prot、KEGG ）及 COG 功能分类。结果 文库的库容为 4.3 ×10 cfu/mL ，插入片段大小平均 1.7 kb，文库重组率 96.35%， 全长率 58.24%，冗余率 10.88%；获得 524 条全长 EST 序列，含有 467 条独立基因（unigenes ），其中 5 条序列与千里光次生 代谢产物的合成、运输与代谢有关。结论 经检测，SMART 技术成功构建了千里光全长 cDNA 文库，该文库可用于千里光 功能基因组鉴定、新基因筛选及次生代谢产物生物合成的表达调控研究。 关键词：千里光；全长 cDNA 文库；SMART；EST ；基因组学 中图分类号：R282.12 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2012)03 - 0557 - 05 Construction of a full-length cDNA library for Senecio scandens PING Jun-jiao, ZHANG Zhen, CAI Zhen-feng, TANG Xian-chun, QIAN Gang Department of Cell Biology and Genetics, Zunyi Medical College, Zunyi 563099, China Abstract: Objective In the present study, our information from Senecio scandens full-length cDNA clones will serve as a useful resource for elucidating functional genes and will also aid a precise annotation of genomics in Compositae plants. Methods The total RNA was extracted from S. scandens using Trizol method. SMART (switching mechanism at 5’ end of RNA transcript) was applied to constructing the full-length cDNA library. Titer of the library, full-length ratio, and redundancy rate for 600 monoclone randomly selected sequencing library were evaluated by PCR amplification. NCBI and COG database was used to compare those sequences. Results Parameters of the the quality of cDNA library were as follows: the capacity of th