纹图谱标记.ppt

南京林业大学2011届毕业论文答辩PPT 题目：石竹属DNA指纹图谱构建 学生：朱烨 指导老师：徐立安 教授 2011年6月3日 * 汇报的主要内容 1. 研究的目的及意义 2. 研究材料与方法 3. 结果分析 4. 讨论 * 1. 目的及意义 目的：利用SRAP和ISSR分子标记法构建石竹属DNA指纹图谱 意义：此图谱的构建，一方面，为今后石竹属种间鉴定提供快速、科学的参照标准。另一方面，也为香石竹（康乃馨）杂交育种提供亲缘关系的遗传背景材料。 * 2. 研究材料与方法 研究材料：从新疆乌鲁木齐、木垒、霍城、尼勒克、唐布拉、阿尔泰、布尔津、小东沟、庙儿沟等地采集野生石竹的种子，共计 10个种 。 研究方法：DNA提取与纯化 ， PCR反应正交设计，电泳检测和指纹图谱构建 * DNA的提取与纯化 采用改进的CTAB裂解-硅珠吸附法从新鲜的叶片中提取总DNA * PCR反应的正交设计 SRAP-PCR反应 ：针对影响PCR反应Mg2+、dNTPs、引物和Taq聚合酶4个因素，选用L9(34)在3水平上进行实验。使用的引物组合为Me6/Em1。L9(34)设计表见表 : 组合编号 Mg2+(mmol/L) 引物(μmol/L) Taq酶（U/L） dNTP（mmol/L） 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1.5 1.5 1.5 2.0 2.0 2.0 2.5 2.5 2.5 0.15 0.25 0.35 0.15 0.25 0.35 0.15 0.25 0.35 0.5 1.0 1.5 1.0 1.5 0.5 1.5 0.5 1.0 0.15 0.20 0.25 0.25 0.15 0.20 0.20 0.25 0.15 * ISSR-PCR反应：针对影响PCR反应Mg2+、 dNTPs、引物和Taq聚合酶4个因素，选用 L9(34)在3水平上进行实验。使用的引物编 号为855。L9(34)设计表见表 : 组合编号 Mg2+(mmol/L) 引物(μmol/L) Taq酶（U/L） dNTP（mmol/L） 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1.25 1.25 1.25 1.75 1.75 1.75 2.25 2.25 2.25 0.4 0.6 0.8 0.4 0.6 0.8 0.4 0.6 0.8 0.5 1.0 1.5 1.0 1.5 0.5 1.5 0.5 1.0 0.325 0.375 0.425 0.425 0.325 0.375 0.375 0.425 0.325 * 电泳检测 ISSR琼脂糖凝胶检测 SRAP聚丙烯酰胺凝胶检测 * 指纹图谱的构建 位点统计法： 根据每对引物生成带型间的差别直接对带型进行 分类编号，可得到每个种的带型编号。一个种的 DNA经过不同引物扩增后，将获得一系列带型编 号，按照固定的引物序列，串联各带型编号,形 成一组数据。将这些图谱转换为由 1 和0 组成的 字串，构成数字指纹图谱。 * 3. 结果分析 正交实验结果与分析 指纹图谱的构建 * 正交实验结果与分析 SRAP-PCR反应 ：选取Me6/Em1作为扩增引物，以同一个种不同家系的4个DNA进行扩增，电泳图如图 ： M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 * 根据电泳图，经过极差分析可知： SRAP-PCR反应中，对反应影响最大的是Mg2+,引物，之后dNTP,最后是Taq酶。4个组分的最佳反应水平为： Mg2+2.5mmol/L、dNTP0.25mmol/L、引物0.25μmol/L、Taq酶为1.0U。 * ISSR反应：选取855作为扩增引物，以同一个种不同家系的4个DNA进行扩增，电泳图如图 ： M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 * 根据电泳图，经过极差分析可知： ISSR-PCR反应中，对反应影响最大的是Mg2+、dNTP、之后是引物，最后是Taq酶。最佳水平为：Mg2+1.25mmol/L、dNTP