第四章-序列比对和算法-1.ppt

第四章 序列比对与算法;第一节 双序列比对;1. 序列比对基本概念 2. 空位罚分 3. 双序列比对方法 点阵序列比较(Dot Matrix Sequence Comparison) 动态规划算法(Dynamic Programming Algorithm) 4. 记分矩阵 ;1. 什么是序列比对？;1. 我们为什么关注序列比对？;1. 序列比对两种类型;1. 序列比对两种类型;2. 空位罚分(Gap Penalties);1 GTGATAGACAC ||| 1 GTGCATAGACAC　;2. 空位罚分公式;3. 双序列比对方法;3.1 点阵序列比较;;点阵分析的应用;点阵分析中的插入或删除;点阵分析的应用;点阵分析实例;使用滑动窗口技术降低噪声;ATACTACAAGACACGTACCG;ATACTACAAGACACGTACCG;ATACTACAAGACACGTACCG;G C G A T G C A T T G A G T A T C A T A;G C G A T G C A T T G A G T A T C A T A;G C G A T G C A T T G A G T A T C A T A;使用滑动窗口技术降低噪声;点阵分析的优缺点;点阵分析的优缺点;点阵分析程序;3.2 动态规划算法;序列比对中某一位点匹配的三种可能性;动态规划算法的数学形式;动态规划算法实例;;;;;;;动态规划算法实例;动态规划算法实例;动态规划算法实例;;;;比对结果;记分矩阵与空位罚分;DNA计分矩阵;转换和颠换;转换和颠换;蛋白质计分矩阵;PAM( Percent Accepted Mutation)矩阵; A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z A 2 -2 0 0 -2 0 0 1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 1 1 1 -6 -3 0 2 1 R -2 6 0 -1 -4 1 -1 -3 2 -2 -3 3 0 -4 0 0 -1 2 -4 -2 1 2 N 0 0 2 2 -4 1 1 0 2 -2 -3 1 -2 -3 0 1 0 -4 -2 -2 4 3 D 0 -1 2 4 -5 2 3 1 1 -2 -4 0 -3 -6 -1 0 0 -7 -4 -2 5 4 C -2 -4 -4 -5 12 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -8 0 -2 -3 -4 Q 0 1 1 2 -5 4 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 3 5 E 0 -1 1 3 -5 2 4 0 1 -2 -3 0 -2 -5 -1 0 0 -7 -4 -2 4 5 G 1 -3 0 1 -3 -1 0 5 -2 -3 -4 -2 -3 -5 0 1 0 -7 -5 -1 2 1 H -1 2 2 1 -3 3 1 -2 6 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 3 3 I -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 5 2 -2 2 1 -2 -1 0 -5 -1 4 -1 -1 L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 2 6 -3 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -2 -1 K -1 3 1 0 -5 1 0 -2 0 -2 -3 5 0 -5 -1 0 0 -3 -4 -2 2 2 M -1 0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2 2 4 0 6 0 -2 -2 -1 -4 -2 2 -1 0 F -3 -4 -3 -6 -4 -5 -5 -5 -2 1 2 -5 0 9 -5 -3 -3 0 7 -1 -3 -4 P 1 0 0 -1 -3 0 -1 0 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 0 -6 -5 -1 1