基于计算机辅助水解的中药大豆寡肽的eta拮抗活性预测 - 中国中药杂志.pdf

２０１７年２月 第４２卷第４期 Ｖｏｌ４２，Ｎｏ４ Ｆｅｂｒｕａｒｙ，２０１７ 基于计算机辅助水解的中药大豆寡肽的 ＥＴＡ拮抗活性预测   乔连生，蒋芦荻，雒刚刚，路芳，陈艳昆，王灵芝 ，李贡宇，张燕玲 （北京中医药大学 中药学院 中药基础与新药研究重点实验室，北京 １００１０２） ［摘要］　中药寡肽是中药发挥药效的关键组分之一，系统地研究中药寡肽的组成及其药效是中药物质基础及作用机制研究 的关键。该研究拟基于计算机辅助水解和分子对接等模拟技术，以中药大豆为研究载体，解析其降压寡肽成分，并预测其潜 在的内皮素受体Ａ（ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｎｒｅｃｅｐｔｏｒＡ，ＥＴＡ）拮抗活性。该文通过收集大豆中的储存蛋白序列，基于计算机辅助水解方法进 行蛋白的模拟消化水解，并将水解获得的寡肽构建虚拟结构数据库。随后该研究构建了ＥＴＡ肽类拮抗剂的药效团模型，包括 １个疏水特征、１个负电中心、１个芳环特征和５个排除体积。同时，利用同源模建方法构建ＥＴＡ的蛋白三维结构模型，并将其 用于分子对接研究，采用一致性打分评价化合物的ＥＴＡ拮抗活性。通过构建ＥＴＡ肽类拮抗剂的药效团模型、同源模建的三 维蛋白结构以及分子对接模型，共预测获得２７条可能具有潜在 ＥＴＡ拮抗活性的寡肽分子。该文进一步分析关键氨基酸 ＧＬＮ１６５，并结合文献，说明其对拮抗剂活性的重要性。计算机辅助水解方法可以高效地对已知序列结构的中药蛋白进行模拟 水解，结合分子模拟模型，能进一步辨识中药寡肽潜在的生物学活性。该研究为快速、高效开展中药来源的肽类物质的活性 机制研究提供了方法学依据。 ［关键词］　计算机辅助水解；寡肽；大豆；内皮素受体Ａ；药效团；同源模建；分子对接 ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆＥＴＡｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｓａｎｔａｇｏｎｉｓｔｓｆｒｏｍＧｌｙｃｉｎｅｍａｘ ｂａｓｅｄｏｎｉｎｓｉｌｉｃｏｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ  ＱＩＡＯＬｉａｎｓｈｅｎｇ，ＪＩＡＮＧＬｕｄｉ，ＬＵＯＧａｎｇｇａｎｇ，ＬＵＦａｎｇ，ＣＨＥＮＹａｎｋｕｎ，ＷＡＮＧＬｉｎｇｚｈｉ，  ＬＩＧｏｎｇｙｕ，ＺＨＡＮＧＹａｎｌｉｎｇ （ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＴｒａｄｉｔｉｏｎａｌＣｈｉｎｅｓｅＭｅｄｉｃｉｎｅＦｏｕｎｄａｔｉｏｎａｎｄＮｅｗＤｒｕｇＲｅｓｅａｒｃｈ，Ｓｃｈｏｏｌｏｆ ＣｈｉｎｅｓｅＭａｔｅｒｉａｌＭｅｄｉｃａ，ＢｅｉｊｉｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＣｈｉｎｅｓｅＭｅｄｉｃｉｎｅ，Ｂｅｉｊｉｎｇ１００１０２，Ｃｈｉｎａ） ［Ａｂｓｔｒａｃｔ］　ＯｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｓａｒｅｏｎｅｏｆｔｈｅｔｈｅｋｅｙｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｅｆｆｅｃｔｉｖｅｃｏｎｓｔｉｔｕｅｎｔｓｏｆｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌＣｈｉｎｅｓｅｍｅｄｉｃｉｎｅ（ＴＣＭ）Ｓｙｓ ｔｅｍａｔｉｃｓｔｕｄｙｏｎｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎａｎｄｅｆｆｉｃａｃｙｏｆＴＣＭｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｓｉｓｅｓｓｅｎｔｉａｌｆｏｒｔｈｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｍａｔｅｒｉａｌｂａｓｉｓａｎｄｍｅｃｈａｎｉｓｍｏｆＴＣＭＩｎ ｔｈｉｓｓｔｕｄｙ，ｔｈｅｐｏｔｅｎｔｉａｌａｎｔｉｈｙｐｅｒｔｅｎｓｉｖｅｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅｓｆｒｏｍＧｌｙｃｉｎｅｍａｘａｎｄｔｈｅｉｒｅｎｄｏｔｈｅｌｉｎｒｅｃｅｐｔｏｒＡ（ＥＴＡ）ａｎｔａｇｏｎｉｓｔｉｃａｃｔｉｖｉｔｙ ｗｅｒｅｄｉｓｃｏｖｅｒｅｄａｎｄｐｒｅｄｉｃｔｅｄｂａｓｅｄｏｎｉｎｓｉｌｉｃｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓＭａｉｎｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＧｍａｘｗｅｒｅｃｏｌｌｅｃｔ