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嘧啶的衍生物在生物体内的主要存在形式是作为核酸的碱基。核酸包括核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA），是由五碳糖、磷酸及碱基等几部分组成的，具有重要生理作用的天然高分子化合物。构成核酸碱基的嘧啶衍生物主要有以下3种： 这些杂环化合物与某些五碳糖（主要是核糖和2-脱氧核糖）结合成核苷，不同的核苷再通过磷氧键相互连接组成核酸。核酸是生命的物质基础之一，具有存储遗传信息与合成蛋白质的功能。（2）巴比妥类药物。巴比妥类药物均是2，4，6-三羟基嘧啶（又称为巴比妥酸）的衍生物，具有镇静、催眠、抗癫痫等功效。 巴比妥酸存在酮式-烯醇式互变异构现象： 巴比妥酸本身并无治疗效用，只有当5-位亚甲基上的氢原子被其他原子或基团取代后才呈现活性。根据取代基的不同，其作用有快、慢与久、暂之别，因而可分为长效（4～12小时）、中效（2～8小时）、短效（1～4小时）以及超短效（1小时）等四种类型。例如： 巴比妥类药物在水中溶解度很小，但因为能发生酮式-烯醇式互变异构，它们在溶液中呈弱酸性，能够与强碱成盐，增加水溶性。例如，它的钠盐易溶于水，把钠盐配制成水溶液可供口服或注射用。 （3）磺胺嘧啶类。磺胺是一类用于治疗细菌感染性疾病的化学药物，其中疗效较好者的分子中多含有杂环，含嘧啶环的磺胺药较为常见，例如： SMM的化学名称为4-（对氨基苯磺酰氨基）-6-甲氧基嘧啶，是一种抗菌作用较强的长效磺胺，半衰期36～48小时；SMD的化学名称为4-（对氨基苯磺酰氨基）-2-甲氧基嘧啶，它适用于治疗泌尿道感染，半衰期37小时，二者均属于长效磺胺。 2，4-二氨基-5-（3，4，5-三甲氧基苄基）嘧啶（简称TMP）是一种广谱化学抗菌药，分子中也含有嘧啶环。它虽不属于磺胺药，但与磺胺药合用可增强其抗菌效果，称为磺胺增效剂。
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