VBM8使用手册.docx

VBM8 处理流程下载和安装SPM8: 从SPM官方网站( http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm)下载SPM8及必威体育精装版的update包。把SPM8解压到要安装的目录，同时把update包解压，并直接覆盖SPM8相关内容，完成更新。然后打开matlab,把spm8文件夹加入matlab路径目录，即完成安装。VBM8: 从VBM官方网站((http://dbm.neuro.uni--jena.de/vbm8/)下载压缩包，解压后放入spm8/toolbox下，即完成安装。运行VBM8：启动matlab spmfmriSpm8toolboxVBM8VBM8分析流程简要【字体颜色说明：红色的都是我添加的，其它颜色基本上都是本文原有的，另外我是按cat12这个工具包来补充的，所以最好结合cat12的英文使用说明一起看】预处理补充：【1、将要处理的图像通过SPM中的“Display”进行可视化后，点击显示页面左下方的“Set Origin”，然后点击这个按钮旁边的“Reorient”按钮，并保存结果（不确定这个需不需要，还是不保存了，貌似没用）；2、我先对TIW图像在SPM软件中进行Normalise(EstWri),两个输入图像的地方都输入这幅待处理的图像（这步不确定）;将Bounding box设置成“-90 -126 -72;90 90 108” ,将Voxel sizes 设置成“3 3 3”。这步会生成以w开头的图像文件。】把T1W 标准化到MNI space(这步没做),并分割出灰质(GM),白质(WM),脑积液(CSF).相关参数可以通“Estimate and write”模块来调整。通过“VBM8 Check data quality” 菜单中的“Display One slice for all images”和“Check sample homogeneity using covariance”（这一步没成功，成功啦，不过不知道对不对）两个选项检查分割和标准化的质量。采用spm自带的spmsmooth选项对预处理好的组织图像进行平滑。统计分析通过SPM Specify 2nd Level 模块指定统计模型。采用SPM Estimate 模块估计模型采用SPM Results 模块定义contrast，观测结果。VBM 分析流程详细描述组织分割与标准化VBM8Estimate and writeVolumes X :输入解剖图像，一般为T1W图像。由于在后续分割中，需要和MNI先验模板对齐，所以这里输入数据最好能和先验MNI 模板方向大致相同。若图像和模板方向差异较大，可以使用SPM的Display 和Check Reg按钮进行手动调整。Estimation Options：使用默认参数即可。这里若不采用SPM自带的组织先验模板TPM，则可选择自己定制的模板。Extended Options：使用默认参数即可。若要尽可能清除非大脑组织，可更换“Clean up any partitions”为 “Thorough Clean up”。也可以尝试改变两类降噪方法的权重，ORNLM的最优权重是0.7。MRF的权重不需要调整。当不使用某个降噪方法时，可直接把其权重设为0。Writing Options：使用默认参数即可。默认的“Modulated normalized-non linear only”：仅对非线性变换带来的体积改变进行调制后的图像，voxel值是经过brain size校正后的局部组织相对体积。A bias corrected image volume：磁场不均匀性校正后的图像。可使用期与不校正的原始对象进行比较，验证图像质量。A partial volume effect (PVE) label image volume：该volume中的值是对每个voxel局部容积效应的估计。Jacobian determinant：每个voxel值表示MNI模板上该位置变换到被试空间时，体积变化大小。Deformation fields：非线性变换产生的变形场。File Save Batch：（这种步骤都是可做可不做的好像，反正我都没有保存）保存设置好的batch,可保存成*.m或*.mat文件。File Run Batch:运行设置好的batch。输出wm*（在生成的mri文件夹里面）是指bias corrected normalized volumes，m0wrp1*（我这边生成的是mwp1*文件，也是在mri文件夹里面）是modulated normalized gray matter，m0wrp2（我这边生成的是mwp2*文件，也是在mri文件夹里面）则是 modulated n