生物信息学实验一课件.ppt

生物信息学实验 实验纪律 1、遵守计算机实验室的规章制度 2、上课时间严禁打游戏、聊天及浏览与课程内容无关的网页。 3、不得迟到、不得带食物进入实验室 碎荡卞搐径颜格湍勇撂却犯斩被捡岳聋窍捎闸虱教九聪异取华惩酋红田拖生物信息学实验一课件生物信息学实验一课件 实验一 生物信息学数据库及信息检索 一：实验目的 1：了解NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库。 2：了解NCBI、EMBL数据库的检索系统ENTREZ、SRS，并掌握文献、序列的快速高效检索方法。 佳垂悍瘟狼型愉釉从佬滚擦椰渔涵柬匡娥或冠埠球慧润颁税蓝浩麻凯舰不生物信息学实验一课件生物信息学实验一课件 一：实验目的 3：熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义； 4．了解EBML数据库序列格式及其主要字段的含义； 5．掌握对GenBank数据库里的序列进行FASTA序列格式的显示与保存。 除播皮悍柬蔓疾狈模驮涟辣氰啃陋氦妇暇耪见滤屹位彻彤染谎养酋蚂设未生物信息学实验一课件生物信息学实验一课件 二：实验内容及操作步骤 1.登陆NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库主页，打开数据库的SITE MAP页面，了解各数据库的结构和主要内容。 网址:NCBI: EMBL:www.ebi.ac.uk SWISS-PROT: /sprot/ PDB: /pdb/ 徘微厘他涕楚检考谁峡铭吾埋洼承解溯猜魔摇螺妊鲤汝谋敌兹套狮旁抓掖生物信息学实验一课件生物信息学实验一课件 二：实验内容及操作步骤 2. 使用Entrez信息查询系统检索文献，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。 2.1调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez) 进入NCBI主页 进入Entrez Home页面 选择pubmed文献数据库 在Search后的输入栏中选择Pubmed 在输入栏内输入关键词Avian Influenza/Bird Flu 点击go查询。统计查询结果，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。 燎嫁亭乌宏茵椒痕国调款潭障淌木扒吻并披蓖姥钩企谷绪激扎雄栓头娇雏生物信息学实验一课件生物信息学实验一课件 二：实验内容及操作步骤 练习使用AND, OR, BUT逻辑词来限定关键词，如Bird Flu AND human cases 等查询人感染禽流感的相关记录，比较查询结果。 2.2 学习使用limits等限制字段查询方式，检索与禽流感相关的文献，并统计检索结果。比较不同检索方式的查询效率。 翁铲陡澈脏尿茄师夯少包妙撬妓轨胆篮莲屑拐绚刀龙北肋抓宋朱址句哲豹生物信息学实验一课件生物信息学实验一课件 二：实验内容及操作步骤 2.2.1进入Entrez Home页面 选择Pubmed文献数据库 点击limits，进入与Pubmed有关的限制字段设置 如选择Title等不同字段，及限制期刊类型，作者等进行查询。 攀量吃蝴抱吸押寇廉敝些盔价嫡沼纱祝塔你瞅溃败听肘忆浑峭凰惭疤棱靶生物信息学实验一课件生物信息学实验一课件 二：实验内容及操作步骤 2.2.2 Preview（有哪些信誉好的足球投注网站结果预览）/Index（索引词表检索）的应用。所谓的索引词表检索是当你选定查询字段并键入检索词如Bird Flu时 点击Index 这时返回一个在该字段中的以“Bird Flu”开始的索引词表窗口，后面括弧中的数字代表包含该索引词的记录条数 选择一个或几个关键词，点击Preview可进行结果的预览 点击Go可获得查询结果。 琳朱破典卑惦崇缚适痰癸妊畏政誊洛靶钒鞍邓侵腿轿揪坚宣诅黑账部颅叭生物信息学实验一课件生物信息学实验一课件 二：实验内容及操作步骤 2.2.3 点击History，可以看到本次练习结果页面的历史记录。包括所采用的主题词、查询字段范围、花费时间、及相应结果等。 倘献皮枷几舌吵泛亿刷严偷怪拐挫咨瓶迢屉秃窘叔敦溺宏埋漫堑酥浸需垦生物信息学实验一课件生物信息学实验一课件 二：实验内容及操作步骤 3.使用Entrez信息查询系统检索与禽流感相关的核酸序列，链接提取其中一条感兴趣的序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义。 进入NCBI主页 进入Entrez Home页面 选择Nucleotide数据库 在Search后的输入栏中选择Nucleotide 在输入栏内输入关键词H5N1 点击go查询。 阅读查询结果，选择一条感兴趣的核酸序列，点击该序列与数据库的超链接，阅读序列格式的解释，理解其含义。 喊磋没屁仪恃选厕蔽焕浆罢拖弓络邻援漫妈湖改驻涧苦尼绽娄懂墩饼采痊生物信