利用RNA-Seq技术鉴定拟南芥不定芽再生相关的转录因子.pdf

生 物 工 程 学 报 王兴春 等/利用RNA-Seq 技术鉴定拟南芥不定芽再生相关的转录因子 552 Chinese Journal of Biotechnology /cjbcn April 25, 2015, 31(4): 552−565 DOI: 10.13345/j.cjb.140529 ©2015 Chin J Biotech, All rights reserved 农业生物技术 RNA-Seq 1,2 3 1 1 2,4 3 王兴春 ，陈钊 ，樊娟 ，何苗苗 ，韩渊怀 ，杨致荣 1 030801 2 030801 3 030801 4 030031 , , , . RNA-Seq . , 2015, 31(4): 552–565. Wang XC, Chen Z, Fan J, et al. Identifying transcription factors involved in Arabidopsis adventious shoot regeneration by RNA-Seq technology. Chin J Biotech, 2015, 31(4): 552–565. 摘 要: 转录调控是不定芽再生过程的主要调控方式之一，但具体机制尚需进一步研究。为此，利用基于Illumina HiSeq™ 2000 测序平台的RNA-Seq 技术分析了不定芽再生缺陷突变体be1-3 和野生型WS 在愈伤形成和不定芽再 生过程以及野生型WS 从脱分化向再分化转变过程差异表达的转录因子 (Transcription factor ，TF) 编码基因。结果 表明：与野生型WS 相比，be1-3 在脱分化过程差异表达的TF 编码基因有155 个，其中表达量上调的97 个，表达 量下调的58 个；在再分化过程差异表达的TF 编码基因有68 个，其中表达量上调的40 个，表达量下调的28 个； 而在野生型WS 从脱分化向再分化转变的过程，总共检测到231 个差异表达的TF 编码基因，包括160 个表达量上 调的基因和 71 个表达量下调的基因。其中，MYB-related (v-myb 禽成髓细胞瘤病毒癌基因) 家族的不定芽相关转 录因子基因ART1 在be1-3 突变体脱分化阶段的表达量提高了3 217 倍，是表达量上调最大的TF 编码基因。进一步 研究发现，该基因过量表达导致愈伤形成和不定芽再生缺陷，并抑制了幼苗特别是主根的生长发育，表明该基因是 愈伤形成和不定芽再生过程的一个负调控因子。本研究不仅加深了人们对不定芽再生转录调控机制的认识，而且为 今后不定芽再生相关转录因子的研究提供了大量候选基因信息。 : 不定芽再生，愈伤组织形成，RNA-Seq ，转录因子，转录调控，拟南芥 Received: November 4, 2014; Accepted: December 11, 2014 Supported by: National Natural Science Foundation of China (No. , Natural Science Foundation of Shanxi (No. 2013011028-1), Shanxi Scholarship Council of China (No. 2010050). Corresponding author: Xingchun Wang. Tel: +86-354-6287191-307; E-mail: wxingchun@163.com Zhirong Yang. Tel: +86-354-628834 1; E-mail: zryangsx@163.com (No. (No. 2013011028-1) (No. 2010050) 2015-02-03 /kcms/detail/11.1998.q1622.003.html