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Diamond软件简化节点步骤
Diamond软件简化节点步骤
• 以下均用截屏方式表示
• 目的画出以下两图
打开cif文件
Built-Connectivity选择不生长不存在的M-H M-C
同理可以选择其他希望过滤掉的化学键
两个晶体学独立的配体
Shift+鼠标选中两个金属原子
插入假原子
指定矩形范围添加原子
两个晶体学独立的配体分别作为bi-connector连接相
邻的假原原子距离为：14.689(2) and 14.746(2) Å
Grow若干次
删除所有非14.689(2) and 14.746(2) Å的键长
调整到合适的方向
删除所有未成键原子
击
单
键
右
不相键连的各个分子设置成不同的颜色
五重互穿
fivefold interpenetrating
修饰：
删去不规则的atoms 和bonds
Lasso选择：更方便地对结构进行删减
基本成型
键的直径设置为等于原子半径
不完整部分
补充细节
切换central和parallel视角
重复以上步骤，选择合适范围得到另一个图
修改分辨率
得到清晰图像
保存
谢谢大家
致谢
感谢
Lotte
Hqzhang
Crystalsnet
提供做图思路
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