海带转录组ssr序列特征及其相关基因功能分析-海洋科学.pdf

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2017-08-19 发布于天津
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海带转录组序列特征及其相关基因功能分析李秋莹张杰姚建亭王秀良段德麟摘要对海带转录组测序数据进行分析从条中共检测到个简单序列重复位点并对包含序列的进行功能注释海带转录组中的类型十分丰富其中单核苷酸和三核苷酸重复的数量最多分别占总数的和其次为四核苷酸二核苷酸五核苷酸和六核苷酸重复分别占总数的和重复单元类型共有种其重复次数的范围为次功能注释发现约含有的获得了注释信息并且大多数与已知蛋白有同源性功能分类结果均表明大量含有序列的基因与多种生物功能有关其中与碳水化合物代谢及参与细胞组成相关的基因数量最多本研

海带转录组 SSR 序列特征及其相关基因功能分析 1, 2, 3 1, 2, 3 1, 2 1, 2 1, 2 李秋莹 , 张杰 , 姚建亭 , 王秀良 , 段德麟 (1. , 266071; 2. , 266071; 3. , 100049) 摘要: 对海带(Saccharina japonica)转录组测序数据进行分析, 从70 497 条Unigenes 中共检测到9 237 个简单序列重复(SSR)位点, 并对包含SSR 序列的Unigenes 进行功能注释。海带转录组中SSR 的类型十分丰富, 其中单核苷酸和三核苷酸重复 SSR 的数量最多, 分别占 SSR 总数的40.9%和 39.4%, 其次为四核苷酸、二核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复, 分别占 SSR 总数的9.8%, 6.1%, 3.1%和0.7% 。SSR 重复单元类型共有 147 种, 其重复次数的范围为 5~70 次。功能注释发现约50%含有 SSR 的Unigenes 获得了注释信息, 并且大多数与已知蛋白有同源性。COG 、GO 功能分类结果均表明, 大量含有 SSR 序列的基因与多种生物功能有关, 其中与碳水化合物代谢及参与细胞组成相关的基因数量最多。本研究结果为深入开发功能性SSR 标记奠定基础, 也为开展海带分子标记辅助选育提供支持。关键词: 微卫星; 转录组; 简单序列重复(SSR); 海带(Saccharina japonica) 中图分类号: S917.3 文献标识码: A 文章编号: 1000-3096(2016)11-0001-06 doi: 10.11759/hykx20150206001 (Saccharina japonica) SSR : SSR , (genomic SSR)SSR(genic SSR)SSR SSR , SSR , 500 t, SSR [12]  86%[1] , SSR [2], , SSR Unigenes , , AFLPRAPDSSR , SSR [2-6] , (Simple sequence repeat, SSR)( 1 材料与方法 ), , 1.1 海带转录组中SSR 序列的分析 , QTL [7] SSR [13