医学本体的研究和挑战frommamusen-生物医学知识整合论.ppt

最优化是实践：标准化医护 一些著名的临床本体 临床医学：GALEN 人类解剖学：数字解剖学家本体 家庭医学：家庭实践本体美国部分 基于指南的医护：GLIF GALEN项目（1） GALEN是基于医学术语学的公共参考模型（Common Reference, or CORE, model）的旨在开发术语服务器和数据输入系统的一个大型项目。 ***AL Rector JE Rogers P Pole：The GALEN High Level Ontology GALEN项目(3) GALEN公共参考模型（Common Reference, or CORE model）的顶层框架，包括一个分类体系和相关的语义连接类型(经过一系列的应用试验)。 GALEN被称为本体（ontology）是因为这个种类模型如加上足够的相关信息，就可以实现自动分类的目的。 GALEN独立于各种语言，独立于更一般的推论系统。 主张不应过多地拘泥于“本体的哲学含义”，必需采取实用的和语用的方法。 GALEN的技术目标： 尽可能地适合医学应用，能与直觉用户对话，特别是临床数据输入或查索、医学概念分类应用程序； 强调复用性，即足够一般化，旨在为不同的医学应用程序所利用； 支持不同团体之间的可操作性合作，争取更容易理解、教授和应用。 GALEN核心模型最高层次种类空间 GALEN的原始的分解是: 广义结构：带有独立于时间的分部的抽象性或物理性事物；(??) 广义物质：独立于时间的持续的抽象性或物理性事物； (??) 广义过程：随时间进展发生的变化; 修饰词：相互异质的组别。 模型化part-of关系 (after Winston and Odell) 组分（例如：汽车门的把手） (#整体的一部分) 原料（例如：面包的原料为面粉） (#原料) 部分（例如：一只面包的一片） (#人工切割) 地域（例如：一个国家的城市） (#地域) 成员（例如：船队的一个船） (#聚合的一部分) 合作者（例如：Laurel Hardy的Laurel） (#人的努力的整合) 拆件：（例如：门上取下来的把手） (#部件) 除了最后两项，GALEN应用了所有part-of关系 修饰词 Aspects 细化类的意义，即定位，严重性，形态等，“严重的糖尿病”是一种“糖尿病”。 Modalities（如家族史或倾向）和Collections与某类的意义相关，但从根本上讲不同于原有的类，如“糖尿病家族史”不是一种“糖尿病”，一个“息肉集合”本身也不是一种“息肉”。因此Modalities涉及机体的发生与遗传为论域或知识背景。 Roles（角色） 如病人角色，医生角色，激素角色； 具体化层次； 单位被用作量度的一部分 。 大部分可以描述现象的特征被放在Feature (例如温度)下，相应的值放在State中(如热/冷)，可见这里feature-state即为变量-变量值对。 Aspects元框架（schema）为: Category-hasXFeature-Feature-hasXState-State 例如（以GRAIL 符号表示）： Patient which  hasTemperatureFeature (Temperature which hasAbsoluteState raised hasTrendInState decreasing hasQuantity (Quantity which hasMagnitude 39.8 hasUnits degreesCentigrade)). 译文为： 病人 which 有温度特征 （温度 which 有绝对状态 升高 有趋势In状态 正在下降 有量度（量度 which 有量值 39.8 有单位度摄氏温度 )). GRAIL 描述逻辑指导模型 防止系统生成无意义表述，如 (Hand which hasLaterality up) 提供3层次的认可 1.语法性层次 (BodyPart which hasLaterality lateralityType) 2.合理性层次 (Hand which hasLaterality lateralityT