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RNA二级结构预测算法
RNA二级结构预测算法
The RNA StructurePrediction
Secondary
Algorithms[or
李恒武1朱大铭2
(青岛大金马摩托车有限公司 青岛266510)1(山东大学计算机学院 济南250100)2
Itis thetwo methodsto its structureofRNAminimalfree
Abstractoneof basic predictsecondary by energy
mfold
this firstitS mechanismiS introduced.Thenthreemodels:nestedmodel、non—
method.In predictive
paper
are
nestedRivasmodeland are presented,the
expatiated,theirdynamicprogrammingalgorithms
lyngs由model
their are themethodsto mfoldand
virtuesand of improve lyngs审
shortcomingsalgorithmsanalyzed.Furthermore
are thefore are with testedand
computer,theircomparative
algorithmdiscussed.Finallyalgorithmsimplemented
are
results
presented.
RNA
Keywordssecondrystructure.Dynamicprogramming,Thermodynamics,NP—complete
¨
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1 引言 ● na ● ● ==D曼I.…ap’8q’、
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热动力学最小自由能量方法预测RNA二级结 发 夹 a环 堆 迭 多分 枝环
构起始于Tinoco等人[1]。1975年Pipas与Mcma— 一atI.曼I_…al·I-ai·2一、
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