NGS-STR分型在个体识别和亲子鉴定中的应用初探前言PartI基于CE.PPT

* PGM检测平台的STR基因座分型 阳性对照结果 测序覆盖深度（ depth of coverage, DoC） NGS-STR检测的数据质量 PGM检测平台的数据质量 Stutter占主峰的峰面积比： Stutter出现比率： 等位基因的杂合峰高比 PGM检测平台的数据质量 CE和NGS平台的STR分型一致性： 42个样本和2个阳性对照DNA样本（9947A，007），共1232个等位基因，分型一致率为98.13%。 不一致原因分析 等位基因丢失 D21S11基因座X.1、X.2、X.3结构 多一个重复单位 NGS-STR与CE-STR的一致性研究 各个基因座的等位基因个数 等位基因（Isoallele） 等位基因（Isoallele） Goldeneye 20A和Early Access STR Kit重叠基因座共14个： CSF1PO, D2S1338, D3S1358, D5S818, D6S1043, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D19S433, D21S11, TH01, TPOX and vWA 14个三联体二代家系： 3个：母源突变（其中2个是多步突变） 3个：父源突变 3个：突变来源不明 3个：有突变，但未涵盖在重合的14个基因座中 亲子鉴定 小 结 Part IV NGS-STR分型的优点 检测序列多态性——信息更充分利用，提高多态性； 可组合的STR基因座的个数不受荧光种类限制； 每个STR基因座的扩增片段长度不受荧光组合限制； 对等位基因亲本来源的识别能力； 对混合样本潜在的检测能力。 NGS-STR分型尚需解决的问题 可读序列的评价标准 等位基因的命名标准 与CE数据的可兼容性 群体数据 结果评判依据和标准 检测时间和成本 * * * Set the stage – where is forensic DNA analysis currently? Now the real world Note: include pictures or graphical representation of current workflow here – show people in the lab – keep an emotional bond! This will help to frame our message around what our customers currently know and experience daily. Then we show them the future potential with the next slides – and that this future is already happening now! This slide serves 3 purposes its showing customers something they know and it also reassures them that they‘ve been doing a good job so far. And finally – it plays on our strengths So current situation (additional arguments listed here in order not to overload slides!) STR / CE is still gold standard Fast! If needed the police can get a result in a few hours – (no NGS method can do this currently!) Able to cope with high throughput via automation Widely accepted – helped to build DBs worldwide and still growing Most Labs have validated this workflow are accreditated accepted in court * 大规模平行测序 * 合适的时机从长度多态性关注到多态性来源最本质的序列多态性 * 标签序列 在建库的时候，对每一个样品接头上加上不同的标签序列，然后用于测序，在测序结果中，依据之前标签与样品的对应关系，就可以获得对应样品的数据，从而就有所谓的数据量为1G，2G。