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AUTODOCK教程 Autodock是一个免费的计算机辅助药物设计软件，它包含autodock、autogrid 及一个可视化的操作界面autodock tools（MGL Tools）三个部分。 1. 下载并安装Cygwin，Cygwin的默认安装路径：C:\cygwin。 2. 下载Windows用的Autodock4 压缩包，解压此压缩包，把解压出的 Autodock4 和 Autogrid4 拷贝到C:\cygwin\usr\local\bin 文件夹下。 3. 下载并安装适合自己电脑的Python2.5 版本，默认安装路径：C:\phthon25但是最好还是用2.5的，因为下面要安装的MGLTools 1.5.2要求Python2.5。 4. 下载安装MGL Tools 1.5.2-setup.exe，默认安装路径：C:\Program Files\MGLTools 1.5.2 。 5. 运行 ADT 。 PS：做到 Autogrid 和 Autodock 时，要选择C:\cygwin\usr\local\bin文件下的Autogrid4 和Autodock4。 二、ADT简介 AutoDock Tools（以下简称ADT）是The Scripps Research Institute，Molecular Graphics Laboratory (MGL)在Python Molecular Viewer（以下简称PMV，Python语言开发）基础上开发的针对AutoGrid和AutoDock程序开发的图形化的分子可视化及对接辅助软件，它的主界面主要包含以下几个部分（图）： 图1：ADT的主界面及窗口部件 PMV菜单：主要通过使用菜单命令对分子进行相关的操作，以及进行可视化设置； PMV工具栏：PMV菜单中一些常用命令的快捷按钮； ADT菜单：AutoGrid和AutoDock的图形化操作菜单； 分子显示窗口：3D模型分子的显示和操作窗口； 仪表板窗口部件：快速查看及设置分子的显示模型以及着色方式； 信息栏：显示相关操作信息。 在这一部分中将采用非常经典的HIV蛋白及其抑制剂（PDB ID：1HSG）来作为例子对AutoDock的整个操作分析过程做一个详细的讲解。 PS：以下操作过程全部在windows7操作系统下完成。 从网站上下载“1hsg.pdb”文件，运用ADT、VMD以及PyMol之类的常用分子显示及编辑软件来将“1hsg.pdb”中的蛋白质受体和小分子配体分离开来，保存成两个单另的文件以备后面使用。同时还可以在AutoDock网站下载“tutorial4.tar.gz”（/faqs-help/tutorial/using-autodock-4-with-autodocktools，受体文件：“hsg1.pdb”以及配体文件：“ind.pdb”）来进行操作。下面就以从AutoDock网站上获取的结构文件来进行后面的操作。 新建工作文件夹“1HSG”（可以是其他名称，但以英文和数字最好） 菜单：File→ Preferences→ Set → Startup Directory　并在空白处输入新建工作文件夹的位置 准备receptor分子 PMV菜单： File → Read Molecule选择“hsg1.pdb“打开Receptor分子： → Delete Water 法二：（比较老的版本中Edit没有Delete Water，可选择法二） PMV菜单：Select → Select From String 打开Select From String对话框，在Residue框中输入HOH*，Atom框中输入*，点击Add选中所有水分子。最后，点击 Dismiss按钮关闭 Select From String对话框（图）。Edit → Delete → Delete AtomSet删除已选择的水分子，点击弹出的警告窗口上的CONTINUE按钮删除。图：Select From String对话框及被选中的H2O分子（黄色“+“表示被选中的原子，没有H，所以选中的都是O原子） PMV菜单：Edit → Hydrogens → Add 为Receptor分子加H（X射线衍射无法获H的坐标数据，图）。nly，其他默认，点击OK。 图3：Add Hydrogens对话窗口 PMV菜单：File → Save → Write PDB保存修改过的receptor分子（图4）。 图4：Wirte PDB对话框。（注：Other write option选择Sort Nodes） 准备Ligand分子PMV菜单：Display → Show/Hide Molecule 隐藏hsg1分子（图5）。或者将鼠标移至hsg1分