组学和生物信息学在科研中的应用举例.pdf

组学和生物信息学在科研中的 应用举例 王明钰 2012‐03‐28 • 王明钰 • 1999年－2003年北京大学生命科学学院本科 • 2003年－2010年美国宾夕法尼亚州立大学博士， 从事古菌中的细胞传递链研究工作 • 2010年－2011年美国宾夕法尼亚州立大学博士后 • 2011年－今山东大学生命科学学院讲师，从事纤 维素降解的微生物学机理研究工作 • Email: wangmingyu@sdu.edu.cn 科学研究的基本流程 分析数据 提出假说 否 设计实验 实验数据是否符合假说？ 是 得出结论 组学的发展 Genomics Genomics Transcriptomics Transcriptomics Proteomics Proteomics Metabolomics Metabolomics The Human Genome Project 1990年十月份开始 DoE和NIH启动 预计需要15年时间 投资三十亿美元 中国负责其中的1%的序列测序 Craig Venter Celera Genomics 1998年启动 耗资三千万美元 使用whole genome shotgun技术 双方均于2001年发表论 文宣称测序完成 基因组测序的缺陷 • 知道基因组序列并不等于知道了生物体所表达 的所有功能单位 – 非编码RNA – 可变剪切 – Junk DNA • 基因预测仍然不甚准确 • 对基因功能的预测仍然依赖于下游生理实验 • 静态的基因组序列无法反映动态的，发展中 的，受外界信号调节的生理活动 比较基因组学可以提供更多的信息 里氏木霉的菌株谱系 Vitikainen et al. BMC Genomics 2010, 11:441 利用比较基因组学可以提供研究思路 •