针对生物信息学分析的linux系统使用介绍.pdf

针对生物信息学分析的 Linux系统使用介绍 沈 伟 shenwei356@ http://shenwei.me 提 纲 • Linux介绍 – 介绍 – 安装与配置建议 • 常用Shell命令 – Shell介绍 – 文件管理（cd, ls, mkdir, rm, ln, glob） – 文本文件处理（vim, cat, more, sed, awk, cut, grep） – 压缩文件（tar, gzip, unzip） – IO (stdin, stdout, pipe) – 系统状态查看（top, free） – 危险操作（rm,覆盖) – 效率提高（for, parallel, xargs） – 任务提交（screen, easy_qsub） – 实例（表格文件，交集并集，fasta/q文件） • 常见软件安装方法 – 环境变量配置 – 源码安装，预编译安装，Python，Perl类软件包安装 – 代理设置 Linux操作系统 • 应用广泛 – 嵌入设备、个人电脑，超级计算机 • 特点 – 低成本 – 稳定，高效 – 多用户 – 支持广泛 • 生物信息领域 – 大多软件运行在Linux系统 Linux操作系统 • 常见发行版 – Debian/Ubuntu/Linux Mint – RHEL/Centos/fedora – OpenSUSE • 常见桌面环境 – GNOME/Cinnamon/Mate/Unity – KDE 准备 • 能通过SSH客户端连接Linux操作系统 – 不限发行版/桌面环境 – 不限运行环境（服务器/PC/虚拟机） – 不限有无ROOT权限 安装与配置建议 • 初学者在Windows系统安装虚拟机 （VirtualBox） • 安装分区 – / – /boot – swap – /usr/local – /home • 配置建议 – 软件安装于home中，修改私有环境变量 常用Shell命令 Shell介绍 • Shell – Unix/Linux操作系统下用户和计算机的交互界面 – 控制系统的脚本语言(bash,csh…) • 获取Shell命令的使用说明 – 官方文档 – man COMMAND – COMMAND -h/-help/--help Shell快捷键 • Tab补全命令 • 光标键向上、向下 翻阅历史命令 • Ctrl+R 有哪些信誉好的足球投注网站历史命令 • Ctrl+A 光标移动到命令开头 • Ctrl+E 光标移动到命令结尾 • Ctrl+U 清空光标前输入命令 • Ctrl+C 取消当前任务 文件属性 严格的权限控制 .tw/linux_basic/0210filepermission.php 文件/目录操作 • 查看目录ls –lha • 改变目录 cd dir, cd -, cd ~ • 创建文件（touch）/目录（mkdir） – mkdir -p level1/devel2 – mkdir dir{a,b,c} • 软连接（快捷方式） – ln –s /file/path [name] – rm name • 删除文件