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《生命的化学》2011 年31 卷6 期 · 906 · ●Technique and Method CHEMISTRY OF LIFE 2011，31(6) 文章编号: 1000-1336(2011)06-0906-06 EST-SNP 开发软件特性分析及比较 1 1 2 1 李 猛 郭大龙 刘崇怀 张国海 1河南科技大学林学院，洛阳 471003 2 中国农业科学院郑州果树研究所，郑州 450009 摘要：利用生物信息学软件，对表达序列标签(EST)序列进行单核苷酸多态性(SNP)开发目前已较为普遍，其方法简单实用，且 软件数量较多，可分为需要测序峰图的 开发软件和不需要测序峰图的 开发软件。对有测序峰图的序列进行 开发， SNP SNP SNP 操作步骤较少且结果较为精确；对无测序峰图的序列进行 开发可大批量操作且成本较低。本文针对这两类软件进行分析比 SNP 较，阐述 开发流程，重点分析以公共数据库中 序列为基础的 开发过程，并对其各种使用参数加以说明，旨在 EST-SNP EST SNP 为EST-SNP开发提供参考，提高效率。 关键词：SNP；软件分析；测序峰图；EST序列 中图分类号：Q81 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, 假阳性率低，同时还能鉴定出由 组成的单体型 SNP SNP)是指基因组内DNA某一特定核苷酸位置上的转 (haplotype)；缺点是工作量大，花费高，非一般的实 换、颠换、插入、缺失等变化。一般情况下，我们 验室能独立完成。因而此方法只用于特定 的开发 SNP [1] [6] 所指的 不包括碱基的插入与缺失 。 作为近 SNP SNP 和验证 ； 利用生物信息学的方法。该方法是利用 (2) 年来出现的第三代遗传标记，目前已广泛应用于遗 生物信息学软件从核酸数据库中开发 ，通过软件 SNP [2] [3] [4] 传连锁图谱构建 、多样性分析 、品种鉴定 和重 自动识别序列中的多态性位点，从而得到候选 ，