PDB格式详解(中文版).docx

Pdb格式详解PDB格式是包含原子坐标文件的标准。PDB格式包含线性信息在一个文本文件里。文件中每一行的信息叫做一个“记录”。一个文件通常包含几个不同类型的records，并且按照特定的顺序排列来描述一个结构。记录类型ATOM (原子)原子坐标record包含x,y,z正交的埃米坐标表示原子在标准残基的位置（氨基酸核酸）HETATM 原子坐标记录包含x,y,z正交的埃米坐标表示原子在非(非标准基团原子坐标) 标准残基的位置。非标准残基包括：抑制剂，辅助因子，离子和溶剂。唯一与ATOM不同的功能是HETATM残基错误而不影响其他残基。需要注意的是“水残基”应该放在HETATM 记录中。TER（端点）指明链末端的残基。例如，一个血红蛋白分子包含四个互不关联的亚基链，TER指出了链末端并且阻止了到另一条链的联系展示。SSBOND(二硫键) 定义二硫键连接两个半胱氨酸残基。HELIX(螺旋) 指明螺旋的位置和类型。每个螺旋一个记录。SHEET(表) 指明位置、感观（非平行等）和登记关于前一组分在表中模型的每一个组分。每个组份一个记录下表描述了选择性的记录的类型。旧的PDB格式或许没有完全加入到新的格式规格。从大多数使用者的力场出发，旧文件和新文件最大的不同在ATOM和HETATM的温度因素。此外，一些空白的区域，就如同，当一个原子没有转变位置时转变后位置的指标。Pdb格式记录类型列数据正当数据类型原子坐标ATOM1-47-1113-161718-202223-262731-3839-4647-5455-6061-6673-7677-7879-80原子原子连续数原子名字转变位置指示剂残基名字链标识符残基序列数目编码插入残基X坐标Y坐标Z坐标占有温度因素段标识元素标识电荷左右左右右右右右右左字符整型字符字符字符字符整型字符浮点浮点浮点浮点浮点字符字符字符非标准原子坐标HETATM1-67-80非标准原子和ATOM相同端点TER1-37-1118-202223-2627端点连续数目残基数目链标识符残基序列数目编码插入残基字符整型字符字符整型字符二硫键SSBOND1-68-1012-141618-212226-283032-353660-6567-72二硫键连续数目残基名字（半胱氨酸）链标识符残基序列数目残基名字（半胱氨酸）链标识符残继序列数目编码插入残基对第一个残基的对称操作对第二个残基的对称操作字符整型字符字符整型字符字符字符整型字符整型整型螺旋HELIX1-58-1012-1416-182022-252628-303234-373839-4041-7072-76螺旋螺旋连续数目螺旋标识符第一个残基的名字链标识符残基序列数目编码插入的残基端点残基名链标识符残基序列数目编码插入的残基螺旋的类型评价螺旋的长度字符整型字符字符字符整型字符字符字符整型字符整型字符整型表SHEET1-58-1012-1415-1618-202223-262729-313334-373839-4042-4546-485051-545557-6061-636566-6970表组分数目（在当前表）表标识符组分数目（在当前表）最初残基名字链标识符残基序列数目编码插入残基端点残基名链标识符残基序列数目编码插入的残基组分的感观关于前一组分以下区域定义两个原子，当有氢键存在时，第一个原子在当前组分，第二个原子在前一组分。这些区域应在组分1中为空白。原子名字（与ATOM记录一致）残基名字链标识符残疾序列数目编码插入残基原子名字（与ATOM记录一致）残基名字链标识符残基序列数目编码插入残基字符整型字符整型字符字符整型字符字符字符整型字符整型字符字符字符整型字符字符字符字符整型字符注：平行标识为1，不平行标识为-1，组分1被标识为0.