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免费软件的一大点,就是帮助文件一般较为简单,这个软件包
前面的话
免费软件的一大特点,就是帮助文件一般较为简单,这个软件包
尤为突出,不信选择程序的HELP ,你会发现虽然程序功能强大,但
帮助文件只有非常简单的一些使用信息,实在令人失望。但你可以在
解压出的文件中,找到doc_ant.exe 文件,解压在另一个目录,是HTML
格式的介绍文件,对软件进行了一些介绍。
我花费了大量时间,写出了这篇使用介绍,希望对你的使用有所
帮助,更高深的使用只能由自己去挖掘。希望谁有心得,能写出来提
供给大家。如果你觉得我介绍的软件与写出的帮助对你的工作非常有
帮助,请您寄给我 10 元钱或者更多,这不仅是对我经济上的资助,
这对我也是精神上的鼓励,鼓励我将这个网站继续做下去。毕竟,我
的收入是非常有限的,不一定能保证我一直将这个网站继续下去。谢
谢。
地址:石家庄市 华药四区 5-3-401
谈杰
050031
生物的化学,就是蛋白质与核酸的化学。对蛋白质的研究是生物
化学领域一个非常重要的部分。近年来,通过实施基因组计划,得到
了大量的蛋白序列数据,但是,面对如此众多的蛋白质序列数据,其
分析工作是一个非常困难的工作。用人工的方法是不可能完成如此大
量的分析工作的。运用计算机,利用一定的运算规则,进行蛋白序列
分析是唯一的方法。蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3 正是这样
的一个程序。
蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3 是位于法国的蛋白质生物
与化学研究院(Institute of Biology and Chemistry of Proteins )用十多
年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所
包括的大多数内容,功能非常强大。应用此软件包,使用个人电脑,
便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。感谢软件的编写者,他们将
此软件包免费提供给此领域的同行使用,这对于我国的科学技术人员
来说,实在是一件好事。因为一个功能再多再好的专业应用软件,如
果作为商业软件进行销售的话,往往使大多数需要使用此软件的科技
人员因为科研经费的问题,无缘使用,这点在我国尤为突出。
软件分为三个版本,分别用于 Unix 系统,DOS 系统与
WINDOWS95 或98 系统,让我以用于WINDOWS 系统的版本为例,
介绍一下这个软件的基本用法。
软件包为一个自解压执行文件,文件名 Anthe4_3c.exe ,大小为
1.9 兆。执行此文件,输入解压后存放的目录名,便可将所有文件解
压在此目录下。主程序名为Anthewin ,在桌面上建立它的快捷图标,
双击快捷图标便打开了ANTHEPROT 4.3 主窗口。
通过主程序,我们可以载入蛋白序列,对序列进行编辑、打印、
拷贝、改变设定等操作,更重要的是,我们可以在此调用各种所需的
分析工具,对蛋白序列进行分析。
一. 序列编辑功能
ANTHEPROT 4.3 的主窗口便是其序列编辑窗口:
可以使用 按键或菜单中的 File/Open 命令打开各种序列文
件,程序识别的文件类型包括:
单序列文件格式:*.SEQ,(ANTHEPROT 3.3 支持以下格式的单
序列文件:DNA/Strider 格式、EMBL 格式、NBRF 格式、Pearson/Fasta
格式、PIR 格式与IG/Stanford 格式);
含有多个蛋白序列的蛋白数据库文件:*.BAS,( 以Pearson/Fasta
格式添加序列,上限为30 条序列或32K 文件大小);
ClustalV 或 ClustalW 文件:*.ALN 含有 ClustalW 格式的多队
列;
含有多队列的Multalin 4. 1 格式文件:*.MUL ;
在Prosite 蛋白数据库中查寻出Site 结果的文件:*.SIT,
蛋白质原子空间结构的PDB 格式文件:*.PDB ;
使用IBCP (http ://wwww.ibcp.fr/predict.html )服务器预测蛋白二
级结构所获得的结果文件格式:*.CNS;
序列可以从 ANTHEPROT 编辑窗口以键盘输入,或者以*.SEQ
等文件格式载入,也可以从其它文件复制粘贴到
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