资源与平台肉鸡腹脂率双向选择系群体表型数据库neauhlfpd-遗传.pdf

Hereditas (Beijing) 2017 年*月, 39(*): 资源与平台 肉鸡腹脂率双向选择系群体表型数据库 (NEAUHLFPD)的设计及其功能实现1 李敏，董翔宇，梁浩，冷丽，张慧，王守志，李辉，杜志强 东北农业大学动物科学技术学院，农业部鸡遗传育种重点实验室，黑龙江省教育厅动物遗传育种与繁殖重 点实验室，哈尔滨 150030 摘要：表型性状的准确记录及其有效管理和分析是选育优良畜禽品种（系）工作的重要内容。东北农业大 学肉鸡腹脂率双向选择系（Northeast Agricultural University High and Low Fat, NEAUHLF ）经过20 年的选 育工作积累了大量与肉鸡脂肪沉积的分子遗传基础研究相关的表型数据。为了有效并系统地存储、管理和 分析利用这些表型数据，本研究建立了东北农业大学肉鸡腹脂率双向选择系表型数据库 （The NEAUHLF Phenome Database ，NEAUHLFPD ）管理系统。NEAUHLFPD 主要涵盖以下表型记录和信息：1~ 19 世代系 谱记录和29 项表型数据（分别为鸡体尺性状、体重性状、屠体性状及相应的率性状信息等）。该表型数据 库的架构和设计过程具体如下： （1）架构信息。WEB 服务器—Apache ；数据库—MySQL ；数据库管理工 具—Navicat ；用于动态交互性站点创建的服务器端脚本语言—PHP ；超文本标记语言—HTML 。 （2 ）结构 信息。主界面上有数据库整体组成及功能的详细介绍，以及数据库各部分基本结构的索引按钮。功能模块 主要包含两方面内容：第一模块，表型（phenotype ）数据的物理存储空间，可实现数据指标的选定、筛选、 范围设定和查找等功能；第二模块，表型数据的基本描述性统计计算（descriptive statistics ），可对条件筛 选后的数据进行基本统计量的计算，同时还可实现对筛选数据的按条件排序等功能。NEAUHLFPD 不仅能 有效储存和管理表型数据，还可以兼容高通量基因组学数据，有利于今后进一步开展鸡脂肪组织生长发育 的分子遗传基础研究以及推进低脂肉鸡的选育工作。 关键词：肉鸡；腹脂率；双向选择；表型；数据库 收稿日期：2017-02-08 ；修回日期：2017-03-10 基金项目：国家肉鸡产业技术体系建设项目 （编号：CARS-42 ）和国家自然科学基金项目（编号） 资助[Supported by the China Agriculture Research System (No.CARS-42) and the National Natural Science Foundation of China (No] 作者简介：李敏，硕士研究生，专业方向：动物遗传育种与繁殖。E-mail ：1129506261@ 通讯作者：杜志强，博士，教授，博士生导师，研究方向：动物遗传育种与繁殖。E-mail ：zhqdu@ 1 Hereditas (Beijing) 2017 年*月, 39(*): 资源与平台 A phenome database (NEAUHLFPD) designed and constructed for broiler lines divergently selected for abdominal fat content Min Li, Xiangyu Dong, Hao Liang, Li Leng, Hui Zhang, Shouzhi Wang, Hui Li, Zhiqiang Du College of Animal Science and Technology, Northeast Agricultural University ; Key Laboratory of Chicken Genetics and Breeding, Ministry of Agriculture; Key Laboratory of Animal Genetics, Breeding and Reproduction, Education Department of Heilongjiang