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Skyline 靶向方法编辑 本教程将涵盖Skyline 靶向蛋白质组环境中众多的可用特征，以创建针对选择反应监测（SRM 也被 称作“多反应监测” - MRM）质谱模式的新仪器方法。针对从现有离子对列表创建文档的Skyline 支 持则包含在单独的教程中。 在开发Skyline 的过程中，我们旨在针对靶向蛋白质组调查创建一个供应方中立的平台。通过所有 的Skyline 文档，您将可以针对Agilent 、AB SCIEX 、Thermo-Scientific 和Waters 仪器导出SRM 离子 对列表。目前，Skyline 还可以针对Thermo-Scientific 和Waters 仪器导出本地方法。我们还希望在 不久的将来针对Agilent 和AB SCIEX 添加本地方法支持。 从Skyline 文档中导出您的方法之最大益处之一就是您可以放心的实现仪器输出将无缝导入，并支 持Skyline 的数据分析 （不过此部分同样包含于其他教程中）。 了解如何在Skyline 中创建靶向蛋白质组方法是非常重要的起始点；另一方面，这也是探索本教程 的一个重要目的。 开始 如要开始本教程，请下载下列ZIP 文件： /tutorials/MethodEdit.zip 将其中的文件解压到您电脑上的文件夹，如： C:\ Users\brendanx\Documents 这将创建一个新文件夹： C:\ Users\brendanx\Documents\MethodEdit 现在开始Skyline，然后您将看到一个新的空文档。 您可以使用若干方法来开始编辑此空文档，在此之前您可以向Skyline 提供有关您将作用的蛋白质 之更多信息。通过向Skyline 提供此类背景信息，Skyline 将帮助您更快地创建富含信息的方法。 创建MS/MS 谱图库 由于您将在本教程中创建的方法旨在测量酵母蛋白质，您将首先从在线数据储存库的肽数据集中 下载的部分酵母数据集以创建一个MS/MS 谱图库。您可以对来自肽数据集的任何数据集进行相同 的操作，或者您直接使用由肽数据集供应的全图谱库。大型的公共源谱图库有4 个，Skyline 全部 提供支持： 1  MacCoss 实验室(/software/bibliospec/documentation/libs.html)  肽数据集(/speclib/)  国家标准技术局(NIST) (/)  全球蛋白质组机构(GPM) (/projects/xhunter/libs/) 您还可以使用其他公开可用的数据或来自您的实验室实验的肽有哪些信誉好的足球投注网站结果在 Skyline 中创建新谱图库。 Skyline 当前支持通过下列有哪些信誉好的足球投注网站结果格式建库：  Mascot （DAT 文件）  反式蛋白质组学管道（pepXML 和mzXML）  X!Tandem (BioML XML)  OMSSA （pepXML 和mzXML ）  Myrimatch/IDPicker （ipdXML 和mzXML ）  Spectrum Mill （导出的pepXML 和mzXML）  Scaffold （导出的mzIndentML 和MGF）  Waters MSe (CSV)  蛋白质前体（pepXML 和mzXML ） 如要开始本教程，您可以通过执行下列步骤来构建自己借助Skyline 的第一个BiblioSpec 谱图库：  在设置菜单上单击肽设置。  单击库标签。  单击构建按钮。  在构建库分类的名称字段中输入“酵母（数据集）” 。  单击浏览按钮。  导航至先前创建的MethodEdit 文件夹下的“库”子文件夹。  单击保存按钮。  在截止分数字段中，将“0.95” 作为最小PeptideProphet 分数输入。  在实验室机构字段中，输入“” [通常是由您的实验室管理的独特域名系统(DNS) 名称] 。  单击下一步按钮。  单击添加文件按钮。  导航至MethodEdit 文件夹下的Yeast_atlas 子文件夹。  双击此文件夹中的interact-prob.pep.xml 文件。  单击结束按钮。 您应该看到Skyline 已将新建的“酵母（数据库）”库添加至