GridMol简明用户手册(GridMol10版)-计算化学虚拟试验室.PDF

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GridMol简明用户手册 (GridMol1.0版) 中科院计算机网络信息中心超级计算中心 计算化学虚拟实验室(VLCC) 2014年10月 目录 1.GridMol简介3 2.安装与系统配置3 3.GridMol 图形用户界面基本控件4 3.1主界面4 3.2菜单栏5 3.3工具栏5 3.4 鼠标的使用6 4.用户操作指南6 4.1打开、显示和保存分子6 打开、显示分子6 保存分子8 保存分子结构为图片8 4.2查看与操作分子9 操作分子9 旋转9 平移9 缩放9 置中9 选择9 查看分子10 模型窗口背景颜色调整11 分子模型浏览器11 分子显示模式转换11 显示原子标签12 显示坐标轴13 查看分子的几何结构参数14 4.3分子建模和分子修饰14 新建一个分子模型14 新建一个分子模型窗口14 从添加分子基团开始15 从添加原子或分子片段开始16 从Smiles码创建分子开始19 修改分子模型20 添加基团20 添加分子片断20 替换原子及基团20 修改化学键20 修改键角21 修改二面角22 撤销、重复修改键长、键角、二面角操作22 分子加氢22 删除原子23 4.4提交计算作业23 简洁方式:23 完整方式25 专家方式26 4.5 计算作业监控管理26 终止作业27 查看中间结果27 查看输出文件29 4.6计算结果可视化30 显示分子结构30 电荷分析30 提取计算结果概要信息31 光谱性质信息可视化31 红外谱32 拉曼谱32 VCD谱32 NMR谱33 分子振动信息及动画显示33 OPT轨迹/IRC轨迹34 1.GridMol简介 GridMol是一款设计为集分子建模、科学计算、分子信息可视化等为一体的一站式服务 型计算化学软件系统。该系统服务器端通过网格中间件高效利用网格中的各种硬件、软件资 源,浏览器端提供图形化的计算化学前、后处理功能。GridMol系统基于Java

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