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GridMol简明用户手册(GridMol10版)-计算化学虚拟试验室
GridMol简明用户手册
(GridMol1.0版)
中科院计算机网络信息中心超级计算中心
计算化学虚拟实验室(VLCC)
2014年10月
目录
1.GridMol简介3
2.安装与系统配置3
3.GridMol 图形用户界面基本控件4
3.1主界面4
3.2菜单栏5
3.3工具栏5
3.4 鼠标的使用6
4.用户操作指南6
4.1打开、显示和保存分子6
打开、显示分子6
保存分子8
保存分子结构为图片8
4.2查看与操作分子9
操作分子9
旋转9
平移9
缩放9
置中9
选择9
查看分子10
模型窗口背景颜色调整11
分子模型浏览器11
分子显示模式转换11
显示原子标签12
显示坐标轴13
查看分子的几何结构参数14
4.3分子建模和分子修饰14
新建一个分子模型14
新建一个分子模型窗口14
从添加分子基团开始15
从添加原子或分子片段开始16
从Smiles码创建分子开始19
修改分子模型20
添加基团20
添加分子片断20
替换原子及基团20
修改化学键20
修改键角21
修改二面角22
撤销、重复修改键长、键角、二面角操作22
分子加氢22
删除原子23
4.4提交计算作业23
简洁方式:23
完整方式25
专家方式26
4.5 计算作业监控管理26
终止作业27
查看中间结果27
查看输出文件29
4.6计算结果可视化30
显示分子结构30
电荷分析30
提取计算结果概要信息31
光谱性质信息可视化31
红外谱32
拉曼谱32
VCD谱32
NMR谱33
分子振动信息及动画显示33
OPT轨迹/IRC轨迹34
1.GridMol简介
GridMol是一款设计为集分子建模、科学计算、分子信息可视化等为一体的一站式服务
型计算化学软件系统。该系统服务器端通过网格中间件高效利用网格中的各种硬件、软件资
源,浏览器端提供图形化的计算化学前、后处理功能。GridMol系统基于Java
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