分子的构建.PDF

第二章 分子的构建 体系中各原子和分子的坐标位置是研究体系性质的基础 原子和分子在 能量 • 长度单位一般默认为Å 体系中的位置 个别软件使用nm • 角度单位一般为度(˚) 描述   笛卡儿坐标   内坐标 《量子化学与分子力学/分子模拟》第二章分子的构建 Nankai University §2.1 分子结构数据的获得  简单分子 • 通过标准键长、键角、二面角等数据直接写出 • 通过分子图形软件构建  复杂分子 • 有单晶结构数据的，直接转化为分子结构数据 • 采用软件构建，必须通过适当的构象有哪些信誉好的足球投注网站方法方可得到 合理的结构；  大分子(如蛋白质分子) • 结构构建本身就是专门的计算化学研究的课题，只有通 过特定的方法(如同源模建等) 方可得到可能的合理结构。 《量子化学与分子力学/分子模拟》第二章分子的构建 Nankai University 常见结构数据类型 ENT，PDB Brookhaven Protein Data Bank MOL MOL (Molecular Design, Ltd. [MDL]) HIN Hyperchem GJF Gaussian INP Gamess ZMT MOPAC Z-Matrix CAR Accelrys, Insight II CSD Cambridge Structural Database Crystallographic files) MOL2 Tripos MSF Accelrys, QUANTA MSI Accelrys, Cerius2 CPD Accelrys, Catalyst CHM Accelrys, Catalyst query CIF Crystallographic Information file XYZ generic) SKC MDL, ISIS SMI SMILES file 《量子化学与分子力学/分子模拟》第二章分子的构建 Nankai University Brookhaven PDB BEN.ENT HETATM 1 C UNK 1 1.209 0.698 0.000 HETATM 2 C UNK 1 1.209 -0.698 0.000 HETATM 3 C UNK 1 0.000 -1.397 0.000 HETATM 4 C UNK 1 -1.209 -0.698 0.000 HETATM 5 C UNK 1 -1.209 0.698 0.000 HETATM 6 C UNK 1