MALDI_TOFTOF_MS在蛋白质组研究中的应用.ppt

TOF/TOF 质谱（Tandem Spectrometer with CID） Timed-Ion-Selector Timed Ion Selector Timed Ion Selector Timed Ion Selector Timed Ion Selector O-连接糖型分析：PNGase F 和唾液酸酶两种酶联合使用与单用PNGase F 比较，前者切除N-连接糖链及O-连接糖链末端的唾液酸，后者只切除N-连接糖链，比较两种方法所得的图谱，并与理论值比对后，可以将测得的谱峰与糖型对应起来，从而可以进一步对不同产品的O-连接糖型的进行比较。 Isobaric Tagging - General Method (4-Plex) Reporter Group Placement: Selection of ‘Quiet Region’ A：P1肽段的对照以及质谱图； B：P1与EGCG共孵育后的一级质谱图 基质 1、吸收了激光的大部分能量并气化，同时将样品分子带入气相。样品分子只吸收少量激光能量，避免了分子化学键的断裂。 2、基质在样品离子形成过程中起到了质子化或去质子化的作用，使样品分子带上正电荷或负电荷，成为带电荷的离子。 基质简称 中文名称 英文名称 激发波长 SA 芥子酸 (3,5-二甲氧基-4-羟基肉桂酸) Sinapinic acid (3,5-dimethoxy-4-hydroxycinnamic acid) ? ? 337nm或 355nm DHB 龙胆酸 (2,5-二羟基苯甲酸) Gentisic acid (2,5-dihydroxybenzoic acid) CHCA α-氰基-4-羟基肉桂酸 α-cyano-4-hydroxycinnamic acid PA 吡啶甲酸 Picolinic acid 3HPA 3-羟基吡啶甲酸 3-hydroxypicolinic acid 常用基质 MALDI-TOF-MS谱中的亚稳离子峰 亚稳离子(metastable ion)是指MALDI离子源产生的离子在无场飞行管道飞行时发生结构断裂，丢失中性分子后所产生的离子(子离子)。亚稳离子的特点是分辨率差，一般不能达到同位素分辨，而且只能在反射式的MALDI-TOF-MS谱中与其他离子区别出来 。 磷酸肽的亚稳离子峰 β酪蛋白的胰蛋白酶酶解磷酸肽T48～63，质荷比为2061.8，发生β消除反应后脱去一个磷酸分子[M+H-H3PO4]+，质量数减少98，实际子离子质荷比应为1963.8，而其亚稳离子的表观质荷比为1969，比实际值大了5.2 。 Harvey等推导了复杂的公式用于分析亚稳离子质荷比与其母离子、子离子质荷比之间的关系，公式如下： Harvey DJ, Hunter AP, Bateman RH, et al, International Journal of Mass Spectrometry, 1999, 188 (1-2): 131 Ma：母离子质荷比 Mb：子离子质荷比 Mc：亚稳离子表观质荷比 数据检索 借助专用生物信息学工具（例如SEQUEST 和MASCOT等）和蛋白质序列数据库(例如IPI、 NCBInr、 SWISS-PROT等蛋白质数据库)，在一定的限制条件下，将质谱数据与蛋白质序列数据库中的相关信息进行比较和统计分析，给出肽段和相应的蛋白质列表，然后再根据一定置信水平的打分值实现对肽段和蛋白质的定性。 Combined (MS+MS/MS) Analysis – Sample Setup Specify Analysis Settings – MS Peak Filtering Optimized settings can be saved as a new Template to make future analyses quicker and easier Trypsin autolytic peaks,Keratin peaks, internal standards, etc. GPS Explorer? Software Combined (MS+MS/MS) Analysis – Sample Setup Specify Analysis Settings – MS/MS Peak Filtering GPS Explorer? Software Combined (MS+MS/MS) Analysis – Sample Setup Save the Analysis Settings Com