DiscoveryStudio上机操作Tutorials.pdf

Discovery Studio Discovery Studio 上机操作 Tutorials （Discovery Studio 版本：3.0 ） Discovery Studio 基本操作 1 Discovery Studio Discovery Studio 基本操作 目的： 通过此教程，了解并掌握 Discovery Studio 中一些基本操作。 所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client 所需数据文件：pk-10.sd 和 1aq1.pdb。 所需时间：30 分钟 介绍 在使用软件进行课题研究前，我们首先应该了解并掌握该软件使用的一些基本操作。为后续 的体系处理做好准备工作。这个教程包括：  小分子配体准备  蛋白文件的处理 小分子配体准备 在 Discovery Studio （DS ）中，可以直接构建分子结构，也可以将在其它画图软件中画好的 结构直接拷贝到 DS 中，本教程演示如何在DS 中构建。 1. 调用 Sketching 功能 从 View 菜单下，打开 Toolbars，选择 Sketching， Toolbars 中将显示各种 Sketching 的工具，这些工具可以用来构建化合物的初始结构。 2. 利用 Sketching 构建化合物的 3D 空间构象 打开一个分子显示窗口（Molecule Window ），FilenewMolecule Window 注：DS 中有四种窗口模式，包括 Molecule window （显示分子结构），Protein Sequence Window （显示蛋白序列），Nucleotide Sequence Window （显示核酸序列），Script Window （显示程 序语言），因此我们需要根据载入的文件类型选择窗口。 DS 中构建化合物的 3D 空间构象非常容易，也非常灵活。本教程以以下化合物为示例，以 图示的方法演示如何构建化合物的结构。 HN OH O N S Cl N O H 选择 ，在窗口中画出结构 1，点击 将其选中，ChemistryBondAromatic 得到结构 2 ， 选择 ，构建各连接单键，可得到结构 3，再次点击相应的键就可以构建双键结构4 ，更换 元素类型， 选中某个碳原子，ChemistryElement 更换相应元素即可，最后得结构 5 。 2 Discovery Studio 1 2 3 4 5 图 1 分子结构构建过程 选择 StructrueClean Geometry 可进一步优化此化合物的几何三维结构。 3. 使用 protocol 处理多个配体结构 如果配体数目较多，还要考虑对映异构体等因素时，可用流程浏览器中的 Prepare Ligand 处 理该体系，通过此操作不仅可以产生三维结构，加氢，还可以产生异构体，并可以选择用 Linpiski’s rules of five 作为筛选条件。 从 File 中选择并打开pk-10.sd 文件，默认为以表格浏览器（Data Table View ）形式打开，