POPGENE、NTSYS、AMOVA软件使用心得.pdf

前言 做分子标记的同学都知道，数据分析基本全靠软件。目前网上有很多软件可以用， POPGENE 、NTSYS 、AMOVA 是最常用的，几乎所有文献中都有用到这三种，另外如果要 计算异交率、自交率还要用到 MLTR 软件，但是这个软件我在网上找了好久都没有中文的 使用说明，自己摸索了一段时间，虽然数据格式算是弄懂了，但数据分析时参数的设置还是 搞不懂，所以索性没用这个软件分析了。 我的课题是用ISSR 检测遗传多样性的，当时在网上搜罗软件的时候就发现，各种软件 都有热心网友进行了总结，也写了使用攻略，只是一般都是单个软件写的，找起来挺麻烦， 当时找了好几个论坛才找齐，所以我当时对自己说，等我写好论文，我要把这些软件的使用 方法全总结在一起，方便大家使用，现在论文撰写总算告一段落了，也该实践这个承诺了。 下面我就依次把POPGENE 、NTSYS 、AMOVA 的使用方法通过图文的方式展现给大家， 数据用我自己论文的数据。 不过我的水平有限，也只会对有限的几个参数进行检测，这篇文章也只能作抛砖引玉了， 希望有更多的朋友把自己的心得发上来，如果有会用 MLTR 的也希望能把使用方法拿出来 共享一下啦！ 生物秀ID ：bobolove 第一部分 POPGENE 1.32 POPGENE 这个软件可以用来测很多遗传多样性参数，包括等位基因数（Na ，Ne ）、Nei ’s 遗传多样性指数（He ）、shannon’s 多样性信息指数（I ）、多态位点百分率（PPB ）、遗传分化 值（Gst ）、基因流（Nm ）、遗传距离等等，是用来检测遗传多样性最普遍的软件，使用起来 也不难，只要把数据格式弄好就可以了。 1.1 数据格式 数据格式在所有软件使用里都是最重要的，把我们检测到的条带在EXCLE 里转换成01 矩阵后，要再输入TXT 里才能在POPGENE 中使用。图1-1 是在TXT 文档里的数据格式。 图1-1 POPGENE 数据格式 1.2 打开软件，载入数据 依次执行：file→load data→dominate marker data(对ISSR 来说是显性标记)→目标TXT 文档，打开后如图1-2 所示。 图1-2 POPGENE 打开数据界面 1.3 数据分析 依次执行：dominant→diploid data→在check all 选项上打勾，OK→接下来全部点OK （如 果你不想保留全部位点或者居群或者想把居群分为几个组来比较的话可以留意这里的选 项）。好了，结果出来了，如图1-3~ 图1-8 所示 图1-3 POPGENE 分析结果 图1-4 遗传多样性指数 图1-5 多态性位点百分比 图1-6 遗传分化系数和基因流 图1-7 遗传距离和遗传一致度 图1-8 基于遗传距离的聚类 1.4 结果的保存 在结果界面直接右键另存为TXT 就可以啦，不要保存为doc 哦，因为真的不好看。 是不是很简单呢，好了，POPGENE 的使用就介绍到这里了，还有不少其他参数，请大 家自己研究啦。 第二部分 NTSYS2.1 NTSYS 这个软件呢，据说是很强大的，不过我只会用来做聚类分析啦，这里介绍两种 聚类分析，一种是对个体聚类，一种是对居群聚类。 2.1 对个体聚类 2.1.1 数据格式 和POPGENE 一样，数据的格式是成功的关键。 首先，新建一个 excle 文档，注意，最好是2003 的哦，其他格式处理起来比较麻烦， 推荐大家把文档保存为2003 版的。 然后，输入所有个体的数据，格式如图2-1 所示，其实这里可以利用POPGENE 的数据， 只要会使用“转置”功能就可以了，不会的同学去百度一下吧，很简单的。当然，这个数据 是给我们看的，软件看不懂哦，要把数据处理为它能看懂的，这里软件自带了数据转换的功 能。转换之前必须把刚才的excle 表格关掉，否则软件无法打