基因的选择压力检测及检验图解教程(By Raindy).pdf

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基因的选择压力检测及检验图解教程(By Raindy)

Fujian Agriculture and Forestry University 基因的选择压力分析 Selection Pressure by Codon- Based Analyses Raindyok@ 2013.11.30 对于基因选择压力的检测,Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)可能是第一反应的分析工具,但PAML的操作令不少初 学者望而却步,快速完成基因的选择压力分析,推荐使用一个在线服务器 ―Adaptive Evolution Server。 网址 :/ 选择压力 Workflow 多重序列比对 Align By Condon 替换模型选择 Model selection 选择压力检测 Selection analysis Step1 :基于密码子多重比对 ,推荐使用MEGA软件进行,如下图 : 1  基于Codon比对,执行后续分析前,需要删除终止密码子 ;  如果有重组序列,建议删除,因为重组序列可能影响分析结果。 2 将多重序列比对的结果导出为FASTA格式 : 3 Step2 提交序列―点击“ANALYZE YOUR DATA”上传前面比对的序列文件 : 4 点击“浏览”按钮后 “Upload”上传比对的文件,如图: 5 6 点击“Proceed to the analysis menu”转到数据分析菜单选项: 7 Step 3 模型选择―因不知道哪种模型适合所分析的比对序列 ,需进行模型选择: 模型未知 运行前,需要先进行模型选择 8 若无现成模型, 根据这里设置! 9 上面的模型有现成的模型,即F81 Step4 选择相应的方法分析选择压力在得到模型选择结果后,可以点击浏览器的返 回键(或键盘上Backspace键)返回上级操作,如下图 : 10 下拉选择一种方法进行分析 9 11 12 最终生成数据结果,可以根据需要整理不同格式 ,如: URL: /kcms/detail/11.1913.R1103.004.html 35:81/Jwk_zgnykx/fileup/PDF/nykx3125.pdf Kosakovsky Pond SL, Frost SDW, Grossman Z, Gravenor MB, Richman DD, et al. (2006) Adaptation to

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