微生物基因组测序分析策略.pdf

微生物基因组测序分析  研究对象 简单基因组（质粒、支原体、衣原体等）、细菌、真菌、环境Meta  研究领域：  研究层面：基因组（DNA）、转录组（RNA）、表观（组蛋白修饰 和DNA 甲基化）  相关仪器：Hiseq2000/2500/4000，Miseq (Illumina)；CG；Optical mapping (Opgen)；TripleTOF 5600 、AB Sciex QTRAP 5500, etc...  BGI Trans-omics 基因组学 第一部分 基因组学研究 真菌 细菌 基因组调查 基因组调查 精细图 精细图 完成图 重测序 重测序 ITS测序 16s rDNA测序 Conten  基因组从头测序  细菌基因组注释分析  编码基因预测方法  基因组注释方法  基因组重测序  宏基因组学分析 基因组从头测序  产品概述 从头测序即de novo 测序，不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测 序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序 列图谱。 全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的 后基因组学研究搭建一个高效的平台，为后续的基因挖掘、功能验证提供 DNA 序列信息。 基因组从头测序 Schematic overview of the assembly algorithm 基因组从头测序 1、基因组调查 目的： 1、检查是否样品污染； 2、调查基因组情况（GC含量、重 复序列、基因组大小、杂合度 等）； 3、为后续改善组装提供依据。 基因组从头测序 1、基因组调查 GC含量与Depth关联分析 K-mer分析 基因组从头测序 Clean 真菌denovo Reads 组装 非编码RNA预测 rRNA tRNA 组装结果评价 组装结果 重复序列分析 重复序列 分泌蛋白预测 基因预测 参考基因 共线性分析 基因组调查：只进行 精细图：进行精细组 ORFs 粗略组装，一次调试，