《基因芯片技术》第8章一利用基因芯片进行差异表达基因分析.ppt

基因芯片技术;内容提要： 第一节 差异表达基因分析 第二节 聚类分析 第三节 主成分分析;第一节 差异表达基因分析 ;单张cDNA芯片差异表达基因;差异表达基因分析;差异表达基因分析;如何确定差异表达基因的阈值倍数法;Z值法 ;Z值法 ;排秩统计量法;重复芯片（replicates）M值法;T值排序;修正的T值法;单通道寡核苷酸芯片差异基因（两个样本直接比较）;不同类样本差异基因识别;评价一组数的统计量;比较多组数的方法;;;SAM（significance analysis of microarrays）微阵列显著性分析 ;;双通道cDNA芯片数据分析用得较多;False Discovery Rate (FDR)错误发现率;Multiple test (P-value adjustment)多重检验（P-价值判断）;火山图（volcano plot）;其他方法;Improved Detection of Differentially Expressed Genes 对差异表达基因的改良性观测 Time series microarray dataset 微阵列数据的时间序列 ;聚类：发现一些未知的细胞状态、疾???的亚型以及一些能识别这些样本状态的基因，或者说发现一类功能相似的基因或者一类有共同调控机制的基因。 归类（分类）：基于已有知识，并有改进现有知识的潜力，通过训练分类器来辨识与已知细胞状态或疾病亚型相类似的样本，或者是与已知的共调控基因表达相似的基因。 ;分类(classification);;分类(classification);层级聚类方法：;基因表达数据矩阵 (Affymetrix GeneChip? oligonucleotide arrays);基因表达数据矩阵 (glass slides);数据矩阵具体形式;数据形式;ClusterTreeview软件;ClusterTreeview软件;Genesis软件;预分析（Pre-Analysis）;重复值合并;重复值合并：;数据转换和标准化;缺失数据处理;缺失数据的处理;缺失数据的处理方法——KNN法;;基因筛选（gene selection）;基因筛选;发展;第三节 主成分分析（Principle Component Analysis，PCA）;降维概述;主成分分析（PCA，principal component analysis） ;主成分分析;;;;;本章小结:;本章小结:;思考题：;The End Thank you