广西巴马小型猪内源性反转录病毒进化年代分析-中国农业科学.PDF

中国农业科学 2015,48(4):778-787 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.04.15 广西巴马小型猪内源性反转录病毒进化年代分析 饶桂波，钟雅婷，欧阳康，马 玲，黄红梅，吴健敏 （广西兽医研究所，南宁 530001 ） 摘要：【目的】确定广西巴马小型猪内源性反转录病毒（PERV-BM）的进化年代。【方法】对先前扩增、测序 获得的 9 个 PERV-BM 的 LTRs，一个 PERV-BM 全长基因组序列，登录号为 HM159246 及 GenBank 上发表的所有背景 清楚的猪内源性反转录病毒（PERV）的LTRs及env序列进行分析。首先利用DAMBE软件对上述序列比对分析，合 并同源性较高的，筛选有差异代表性的核酸序列的数据集。然后利用 MEGA5.2 软件 Neighbor-Joining 方法计算 PERV-BM遗传进化关系。利用DAMBE软件对上述筛选的序列集进行替换饱和度计算，分析核酸进化速率的稳定性； 利用 MEGA5.2 软件，通过最大相似法对筛选数据制作的遗传进化树进行分子钟行为分析。最后对广西封闭群内的 广西巴马小型猪 3′-LTR 序列进行替代饱和度及分子钟分析，对符合分子钟行为的 LTRs 序列，以假设的恒定进化 速率计算PERV-BM的进化年代。【结果】经过DAMBE软件分析后，选出80多个GenBank上发表的有代表性的env、 LTRs序列数据集。对PERV-BM (HM159246) 序列全长遗传进化分析显示，PERV-BM与中国的PERV核酸序列EF133960 和 GU980187，荷兰的 AF356697 亲缘关系较近，与韩国的 HQ540595 和美国的 AF038600 和 NC_003059 亲缘关系则 较远。利用DAMBE软件对筛选数据集替换饱和度检测结果显示，S和V值随 PERV序列之间进化分歧的增加呈线性 的增加。LTRs 序列数据集替换饱和曲线呈线性关系，没有替换饱和现象发生，LTRs 的进化随时间持续且稳定。数 据集 env 序列替换饱和曲线不完全呈线性关系，表明 env 序列集进化速率不稳定。利用 MEGA5.2 的最大相似法对 LTRs和env数据集的进化树进行分子钟行为检测结果显示，LTRs序列集接受分子钟假说，env进化不符合分子钟 行为，这和不饱和度检测的结果一致。因此可用LTRs进化的近分子钟行为进行PERV进化年代的计算。利用DAMBE 软件对广西封闭群内的广西巴马小型猪 3′-LTR 序列进行替代饱和度及分子钟分析结果显示，3′-LTR 的进化符合 分子钟行为可用于进化年代计算。假设以灵长类 ERV 的积累突变率，每个核苷酸每年的替换率 2.3×10-9—5.0× 10-9 6 6 ，计算PERV-BM约进化于3.3×10 —7.1×10 年前。【结论】PERV-BM进化年代与欧洲小型猪PERV进化时间7.6 6 ×10年前相近。 关键词：广西巴马小型猪；猪内源性反转录病毒；进化年代 Analysis of Evolutionary Time of Porcine Endogenous Retrovirus in Guangxi Bama Mini-pigs RAO Gui-bo, ZHONG Ya-ting, OUYANG Kang, MA Ling, HUANG Hong-mei, WU Jian-min (Guangxi Veterinary Research Institute, Nanning 530001) Abstract: 【Objective 】The objective of this study is to determine the evolutionary