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序列比对工具介绍 3.1 BLAST 比对 3.1.1 BLAST 介绍 在序列分析中，BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)算 得上是最出名的序列分析工具。它通过最大程度的彼此比对，然 后在数据库中查询该序列的方式来比较两条序列。Blast 程序的总 体比对算法思想是：首先通过完全匹配来查找序列，然后通过允 许有误匹配的方式来扩展比对区域。Blast 程序的主要用途有： 1、 推断和鉴定查询序列的功能； 2 、 帮助指导实验设计来论证该功能。 3、 在模式生物（如人类、酵母和小鼠等）中发现相似的序列， 并把该序列用来进一步研究基因。 4 、 在全基因组之间进行彼此之间的比较，从而来识别不同生物 体之间的相似性和差异。 5、 发现与该序列相似的同源序列。 6、 用序列相似性来推断两个或更多的基因或蛋白质之间的同 源性和结构相似性； 7、 识别一个蛋白质中更多的保守区域，特别是潜在的具有重要 功能的区域识别； 8、 在基于在同一个位点或区域的基础上来比较和同源对照； 9、 从序列相似性来推断进化距离，包括相似性和同源性。 1 Blast 是用来把感兴趣的序列跟已经存在的大的数据库进行比 较的一个强大的比对工具。通过比对识别相关的序列，从而能获 得你感兴趣的基因和蛋白质的功能和进化过程。 3.1.2 BLAST 程序介绍 Blast 有五种比对方式，即blastn 、blastp 、blastx 、tblastx 和 tblastn 等，各个程序的介绍如表所示： 程序名 查询序列类型 数据库序列类型 比对后的序列类型 blastn 核酸序列 核酸数据库 核酸 blastp 蛋白质序列 蛋白质数据库 蛋白质 blastx 核酸序列 蛋白质数据库 蛋白质 tblastn 蛋白质序列 核酸数据库 蛋白质 tblastx 核酸序列 核酸数据库 蛋白质 具体解释如下： （1）BLASTn：从核酸序列到核酸数据库中的一种查询。库中存在的每条 已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 （2 ）BLASTp：蛋白质序列到蛋白质数据库中的一种查询。库中存在的每条 已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 （3 ）BLASTx ：核酸序列到蛋白质数据库中的一种查询。首 先将核酸序列翻译成蛋白质序列（一条核酸序列会被翻译成可能 的 6 条蛋白质序列），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 （4 ）TBLASTn ：蛋白质序列到核酸数据库中的一种查询。它 与 BLASTx 相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白质序列，再 2 同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 (5) TBLASTx ：核酸序列到核酸数据库中的一种查询。此种 查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白质序列 （每条核酸序列会产生6 条可能的蛋白质序列），这样每次比对会 产生 36 种比对阵列，这是最耗费时间的一种比对方法。 3.1.3 BLAST 程序安装 BLASt 程序可以通过在线网络运行和本地运行两种方式进 行。在线网络运行只需要进入 BLAST 网址，不需要任何安装，即 可： /blast/ 而本地运行 BLAST 程序，则需要在本地服务器端安装 blast 程序，其安装步骤如下： （1） 下载 blast 程序 首先从以下链接 ftp:// /