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数据分析报告2016
数据分析报告
2016 年3 月9 日
21:02
项目名称:Sus scrofa 蛋白组学无标试验
客户名称:
完成时间:
项目编号:
实验结果
一共3 个猪的脑脊液样品677 ,635 ,658 ,分别为:677 是
空白组;635 是脑膜炎链球菌感染;658 是关节炎链球菌感
染。3 例(猪的脑脊液)样本,每例样本跑了3 个
fraction ,每例样本3 次实验学重复(共计27 个 raw 文
件)。利用无标LC-MS/MS 技术结合Maxquant 软件共鉴定
到3456 个UNIPROT 蛋白。
原始数据提交
原始数据如有需求,可以提交到iProX (数据提交的中国站
点),PRIDE 或MassiVE 上,供研究人员下载。
/
/submission
数据分析
2016 年3 月9 日
21:03
外源数据库获取
蛋白信息获取
所有蛋白通过ID 号到Uniprot ( )数
据库中批量获取对应的注释文件(*.dat)和fasta 文件。用自
编的PERL 程序Uniprot_xRef_Function.pl 将dat 文件中的
Uniprot 交叉号注释、蛋白名称、功能注释、GO 等信息解析
成表。
详细数据表
所有样本的鉴定结果保存在Result.xlsx 的“iBAQ”表
中。
Result.xlsx Log10 log
的“ ”表是取 后的结果;而
Median 是用中值归一化的结果。
Result.xlsx 的“VolcanoPlot”表是差异分析的结果。
Sig 1 -1 0
列中 表示上调, 表示下调, 表示不变。
差异蛋白
根据实验设计,对所有鉴定定量结果进行统一分析,如果
p-value0.05 以及Fold Change 比值在2 倍以上的作为候选
的差异蛋白。
差异蛋白的分析结果见/Diff/目录下的火山图及其表格。
全局分析
2016 年3 月9 日
21:03
全局分析的结果见/Global/目录下的结果。
表达量分布范围图
箱型图
箱形图(Box-plot )又称为盒须图、盒式图或箱线图,是一
种表现有关数据的位置和分散情况资料的统计图。
箱形图主要包含六个数据节点,将一组数据从大到小排列,
分别计算出他的上边缘,上四分位数(Q1),中位数
(Median ),下四分位数(Q3),下边缘,还有一个异常
值。它可以粗略地表达出数据是否具有有对称性,分布的
分散程度等信息,通常用于对几个样本的比较。
箱形图中异常值被定义为小于Q1 -1.5IQR 或大于
Q3+1.5IQR(四分位间距)的值。通过比较箱形图的异常值,
可以发现数据点在同类其他群体中的位置。样本数据的中
位值在该坐标系中越接近 1,反应数据越集中;上下四分位
值离中位值越远,表明数据离散趋势越强。
聚类热图
聚类热图(heatmap )是通过排列矩阵的行列,将相似的数
值放在相邻的放以展示聚类分析结果的图像;它可以直观
呈现多样本多个基因的全局表达量变化,呈现多样本或多
基因表达量的聚类关系。通过聚类分析,可以对数据进行
分类并反应其相似程度。聚类热图中的一行代表一个蛋白,
一列代表一个样本比较组。其中,不同颜色为样本的不同
表达量值,由绿-黑-红表达量依次增加。样本间的欧式距离
长短反应其关联性,距离较近说明两组数据性质较近,距
离较远说明关联较远。
功能分析
2016 年3 月9 日
21:03
所有鉴定蛋白的GO 分析
随着新一代测序技术的不断发展,越来越多物种的基因组
和转录组获得了高通量测序,给人们带来了海量的核酸序
列数据,如何对海量序列中隐含的生物信息进行高通量的
解读是研究者要面对的问题.序列信息解读的一个核心内
容是对基因进行功能注释,具体操作上就涉及到一个概念:
基因的本体论(Gene Ontology, GO )注释.大多数基因在
不同生物中的同 源基因拥有相同的主要生物学功能,因此,
在某些物种 里已知的基因功能信息可以用来解释其他物种
对应的同源基因.但是这些已知的功能信息包含在先前积
累的浩瀚文献之中,不同的文献会用不同的词
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