数据分析报告2016.pdf

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数据分析报告2016

数据分析报告 2016 年3 月9 日 21:02 项目名称:Sus scrofa 蛋白组学无标试验 客户名称: 完成时间: 项目编号: 实验结果 一共3 个猪的脑脊液样品677 ,635 ,658 ,分别为:677 是 空白组;635 是脑膜炎链球菌感染;658 是关节炎链球菌感 染。3 例(猪的脑脊液)样本,每例样本跑了3 个 fraction ,每例样本3 次实验学重复(共计27 个 raw 文 件)。利用无标LC-MS/MS 技术结合Maxquant 软件共鉴定 到3456 个UNIPROT 蛋白。 原始数据提交 原始数据如有需求,可以提交到iProX (数据提交的中国站 点),PRIDE 或MassiVE 上,供研究人员下载。 / /submission 数据分析 2016 年3 月9 日 21:03 外源数据库获取  蛋白信息获取 所有蛋白通过ID 号到Uniprot ( )数 据库中批量获取对应的注释文件(*.dat)和fasta 文件。用自 编的PERL 程序Uniprot_xRef_Function.pl 将dat 文件中的 Uniprot 交叉号注释、蛋白名称、功能注释、GO 等信息解析 成表。 详细数据表  所有样本的鉴定结果保存在Result.xlsx 的“iBAQ”表 中。  Result.xlsx Log10 log 的“ ”表是取 后的结果;而 Median 是用中值归一化的结果。  Result.xlsx 的“VolcanoPlot”表是差异分析的结果。 Sig 1 -1 0 列中 表示上调, 表示下调, 表示不变。 差异蛋白 根据实验设计,对所有鉴定定量结果进行统一分析,如果 p-value0.05 以及Fold Change 比值在2 倍以上的作为候选 的差异蛋白。 差异蛋白的分析结果见/Diff/目录下的火山图及其表格。 全局分析 2016 年3 月9 日 21:03 全局分析的结果见/Global/目录下的结果。 表达量分布范围图 箱型图 箱形图(Box-plot )又称为盒须图、盒式图或箱线图,是一 种表现有关数据的位置和分散情况资料的统计图。 箱形图主要包含六个数据节点,将一组数据从大到小排列, 分别计算出他的上边缘,上四分位数(Q1),中位数 (Median ),下四分位数(Q3),下边缘,还有一个异常 值。它可以粗略地表达出数据是否具有有对称性,分布的 分散程度等信息,通常用于对几个样本的比较。 箱形图中异常值被定义为小于Q1 -1.5IQR 或大于 Q3+1.5IQR(四分位间距)的值。通过比较箱形图的异常值, 可以发现数据点在同类其他群体中的位置。样本数据的中 位值在该坐标系中越接近 1,反应数据越集中;上下四分位 值离中位值越远,表明数据离散趋势越强。 聚类热图 聚类热图(heatmap )是通过排列矩阵的行列,将相似的数 值放在相邻的放以展示聚类分析结果的图像;它可以直观 呈现多样本多个基因的全局表达量变化,呈现多样本或多 基因表达量的聚类关系。通过聚类分析,可以对数据进行 分类并反应其相似程度。聚类热图中的一行代表一个蛋白, 一列代表一个样本比较组。其中,不同颜色为样本的不同 表达量值,由绿-黑-红表达量依次增加。样本间的欧式距离 长短反应其关联性,距离较近说明两组数据性质较近,距 离较远说明关联较远。 功能分析 2016 年3 月9 日 21:03 所有鉴定蛋白的GO 分析 随着新一代测序技术的不断发展,越来越多物种的基因组 和转录组获得了高通量测序,给人们带来了海量的核酸序 列数据,如何对海量序列中隐含的生物信息进行高通量的 解读是研究者要面对的问题.序列信息解读的一个核心内 容是对基因进行功能注释,具体操作上就涉及到一个概念: 基因的本体论(Gene Ontology, GO )注释.大多数基因在 不同生物中的同 源基因拥有相同的主要生物学功能,因此, 在某些物种 里已知的基因功能信息可以用来解释其他物种 对应的同源基因.但是这些已知的功能信息包含在先前积 累的浩瀚文献之中,不同的文献会用不同的词

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