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理解生物信息学 译者序 前言 给阅读者的短笺 致谢名单 第 1部分 基础知识 第 1章 核酸的世界 1.1DNA 和 RNA 的结构 DNA 分子是由4种不同类型的碱基组成的线性多聚体 两条互补 DNA 链通过碱基配对形成双螺旋 RNA 分子通常为单链结构但在某些情况下可形成碱基配对结构 1.2 DNA？RNA 和蛋白质：中心法则 DNA 是信息载体而 RNA 则是信使 信使RNA 根据遗传密码翻译产生蛋白质 翻译过程涉及了含 DNA 和 RNA 的核糖体的转移 1.3 基因结构和基因调控 特定的定位序列能和 RNA 聚合酶结合并识别转录起始点 真核生物中的转录起始信号远比细菌中复杂得多 真核生物 mRNA转录物在翻译前需经历一系列修饰 翻译的调控 1.4 生命与进化之树 主要生命形式的基本特征 突变可以改变核苷酸序列 总结 名词解释 扩展阅读 第2章 蛋白质结构 2.1 初级结构和二级结构 我们可从多个不同水平考察蛋白质结构 氨基酸是蛋白质的组成单位 侧链决定了氨基酸化学和物理特性的不同 蛋白质链中的氨基酸通过肽键共价连接 蛋白质的二级结构由α螺旋？β链构成 在蛋白质结构中已发现了几种不同类型的β叠片 螺旋和链通过转角？发夹结构和环连接 2.2 对生物信息学的启发 某些氨基酸倾向于形成特定的结构单 从进化角度帮助序列分析 蛋白质结构的计算和可视化 2.3 蛋白质通过叠形成紧凑的结构 蛋白质的三级结构是通过多肽链的径来定义的 蛋白质叠的稳定状态是能量最低的状态 很多蛋白质是由多个亚基组成的 总结 名词解释 扩展阅读 第3章 数据库的处理 3.1 数据库的结构 平面文件数据库以文本文件的方式存储数据 关系数据库广泛应用于存储生物信息 XML 的灵活性可以确定定制的数据分类 一些用于生物数据的其他数据库结构 数据库可以通过本地访问或通过互联相互链接 3.2 数据库类型 数据库中不仅仅是数据 原始数据和衍生数据 我们如何定义和链接事物的重要性：本体 3.3 数据库有哪些信誉好的足球投注网站 序列数据库 芯片数据库 蛋白质相互作用数据库 结构数据库 3.4 数据质量 o?o 非冗余性对一些应用特别重要 自动化方法可用于检查数据的一致性 初步的分析和注释通常是自动化完成的 为了产生高质量的注释经常需要人为干预 数据库更新和条目注释版本号的重要性 总结 名词解释 扩展阅读 第2部分 序列联配 第4章 产生和分析序列联配 4.1 序列联配的原理 联配是在两个或更多序列的相同区域寻找最大相似性的任务 联配可以揭示序列间的同源性 比较蛋白质序列比核酸序列更容易检测同源性 4.2 联配分值 一个联配的质量是通过给予一个量化的分值来衡量的 量化两个序列间的相似性的最简单的方法是百分数 基于一致度的点图可以可视化地评价相似性 真正的匹配不必相同 最低一致度比可以被接受为具有显著性 对于打分联配有许多不同的方法 4.3 替代矩阵 使用替代矩阵对每个排列后的序列位点分配一个单独的值 AM 替代矩阵使用密切相关的蛋白质序列集的替代频率 BLOSUM 替代矩阵使用了局部高度保守区域序列的突变数据 替代矩阵的选择取决于要解决的问题 4.4 插入空缺 在序列插入空缺以达到和另一条序列的相似度最大需要罚分制度 动态规划算法可以决定引入最优空缺 4.5 联配类型 对于不同情况采用不同类型的联配 多重序列联配能同时比较一些相似序列 有几种不同的技术可构造多重联配 多重联配可以提高低相似性序列联配的精确度 ClustalW 可以对 DNA 和蛋白质序列进行全局联配 通过合并一些局部联配可以构建多重联配 增加新信息可以改进联配 4.6 检索数据库 已开发了快速而准确的有哪些信誉好的足球投注网站算法 FASTA 格式是一个基于较短的相同片段 匹配的快速的数据库有哪些信誉好的足球投注网站方法 BLAST 的基础在于发现非常相似的短片段 对不同的问题采用不同版本的BLAST 和FASTA SI?BLAST基于配置文件的数据库有哪些信誉好的足球投注网站 SSEARCH 是一个严格的联配方法 4.7 有哪些信誉好的足球投注网站核酸或蛋白质序列 可直接使用或翻译后的 DNA 或 RNA序列 必须测试数据库的匹配质量以确保其不可能是偶然发生 选择一个适当的犈值的阈值有助于限制数据库有哪些信誉好的足球投注网站 低复杂度区域可以将同源性有哪些信誉好的足球投注网站复杂化 不同的数据库可以用来解决具体问题 4.8 蛋白质序列模体或模式 建立数据库的模式需要专业知识 BLOCKS数据库包含自动编译的保守蛋白质序列的多重联配的较短序列模块 4.9 使用模式和模体有哪些信誉好的足球投注网站 可以在ROSITE数据库中有哪些信誉好的足球投注网站蛋白质的模式和模