生物信息学发展与应用概述.pdf

生物信息学发展与应用概述 李亦学 上海交通大学生物信息学与生物统计学系 中国科学院系统生物学重点实验室 上海生物信息技术研究中心 yxli@scbit.org, yxli@sibs.ac.cn 提纲 • 生物信息学的定义和基础 • 生物信息学研究的趋势和前沿 • 生物信息学的主要研究内容 • 人类基因组计划与生物信息学 • 系统生物学 提纲 • 生物信息学的定义和基础 • 生物信息学研究的趋势和前沿 • 生物信息学的主要研究内容 • 人类基因组计划与生物信息学 • 系统生物学 生物学数据浪潮 • 核酸 •单核苷 酸多肽 性 •基因表 达谱 •质谱 •蛋白质 -蛋白 质相互 作用 •其它 数量+复杂性+整合度 数据依然是生物信息技术的主要驱动力 什么是生物信息学 生物信息学（BIOINFORMATICS ）是一门 集数学，计算机科学和生物学的工具以及技术 于一体的涵盖了生物信息的获取，处理，存储， 分配，分析和阐述等各个方面以理解海量的生 物学数据为目的的学科 Understanding Our Genetic Inheritance. The US Human Genome Project: The First Five Years 1991-1995. NIH Publication No. 90-1590, April, 1995 生物信息技术是一个多学科交叉的前沿生物技术 生物信 息学与 系统生 数学、统计学 物学 物理学、化学 信息、系统与计算科学 高性能计算、数据库、 云计算 多学科高度交叉 多尺度生物学数据的整合和模拟 提纲 • 生物信息学的定义和基础 • 生物信息学研究的趋势和前沿 • 生物信息学的主要研究内容 • 人类基因组计划与生物信息学 • 系统生物学 新一代测序技术与生物学数据的海量增长 海量的数据积累和巨大的计算需求 HeliScope™ Single Molecule Sequencer 60000 Mb /run Applied Biosystems ABI 3730XL Roche / 454 1 Mb /day Genome Sequencer