PLINK上机.pdf

PLINK上机练习 孙广青 sunguangqing@ BGI, Shenzhen plink简介 • PLINK 是由哈佛大学的Shaun Purcell开发的一个免 费，开源的全基因组关联分析软件。 • 软件下载URL： /~purcell/plink/res.shtml 测试数据也可在该页面的（Teaching materials and example dataset ）下 载 1. 下载example.zip及teaching.zip到自己电脑的目录下（eg: D:\plink） 2. 解压文件到当前目录plink中 软件安装 --Dos • DOS系统下安装及运行 • 进入命令行界面 打开命令行“Win ＋R”-输入“cmd” 回车进入命令界面-再输入“D：” 进入D盘-再输入cd空格plink就进入软件目录 输入d: - 输入目录plink 软件安装 --Dos • 输入plink --file extra测试软件是否在当前目录 登录集群 1.连接VPN, putty登录集群 用户名和密码区分大小写 VPN 用户名：bgitech-training ，密码：HGDaer32 putty 用户名：stu.. 密码：.. 登录集群 2.拷贝测试文件到自己目录下 命令: cp -r /home/teacher/sungq/* . 拷贝完成后用ls 命令查看文件夹 3.进入plink 目录 命令：cd plink 软件安装 --linux • Linux下plink.exe及文件拷贝到当前目录，直接运 行 输入格式 • 以extra数据为例的格式说明 extra数据包括两个文件，extra.ped和extra.map PED格式：文件以空格或者tab分隔，前六列是固定的格 式，依次是 Family id individual id （这列ID标注唯一后，家系和父母id缺失的可 以以自然数编码） paternal id maternal id sex （1 男2 女性别缺失可以用0或者其他数字表示） phenotype(-9或者0表示缺失,1表示control,2表case) genotype(A/T/C/G ,missing 0)第七列及以后是基因型