“天河二号”超级计算机使用手册.pdf

“天河二号” 超级计算机 使 用 手 册 更新时间：2016 年 1 月 22 日 使 用 须 知 1. “天河二号”超级计算机 （以下简称“天河二号”）的结点使用方式 为独占式，即计算结点分配给用户以后，不能为其他用户所用；机时的计算 也将以结点为基本单元。比如，使用2 结点共 12 核运行 1 小时的程序，机时 为 2*24*1=48 （核*小时），而非 2*6*1=12 （核*小时）。因此用户需要合理 利用自己的资源。 2. 计算规模在 60 结点以内（含 60）的作业，请提交到以 “nsfc”开头 的分区； 更大规模的作业需提交到 “BIGJOB”分区 （此分区不允许提交小于 61 结点规模作业）。 （关于作业分区和提交的操作请仔细查看本手册第五章 作业提交。） 3.用户所分配机时仅为机时使用。如委托研发、修改程序代码、编写复 杂脚本等额外服务，会产生一定的服务费用。如有需求，请发邮件到 nsfcsupport@ 洽商。 4.国家超级计算广州中心 （以下简称超算中心）默认提供 CPU 计算结点。 如需使用“CPU+MIC”的计算结点，请发邮件至nsfcsupport@ 告 知。 5.如需使用超算中心已配置的商业软件，请与nsfcsupport@ 联系。超算中心不提供商业软件的安装适配、售后及应用支持服务。您可以 自行安装和使用商业软件，或与该软件的售后服务团队联系寻求协助。用户 自行安装软件带来的版权问题请自负责任。 6.超算中心根据实际情况对基于“天河二号”部署的开源软件的安装进行 一定程度上的协助，但软件的算法合理性、精度、并行效率、使用方法等软 件自身问题需要自行解决。常用的开源软件的使用方法可以查阅超算中心官 网上的相关说明，如：/newsdetail.html?7311 （Quantum ESPRESSO）。 7.如您的任何行为对超算中心的财产和声誉等方面造成了任何损失，超算 中心将依法追究相关责任。以上条例解释权归超算中心所有。 目 录 1 登录 1 1.1 VPN 验证 1 1.2 终端登录 1 2 文件传输 6 2.1 文件系统 6 2.2 数据传输 7 3 环境变量管理工具 MODULE 11 3.1 简介11 3.2 基本命令 11 4 编译器 13 4.1 INTEL 编译器 13 4.2 GCC 编译器 14 4.3 MPI 编译环境 14 4.4 MIC 编译环境 15 5 作业提交 16 5.1 结点状态查看 YHINFO 或 YHI 16 5.2 作业状态信息查看 YHQUEUE 或 YHQ16 5.3 交互式作业提交 YHRUN 16 5.4 批处理作业 YHBATCH 19 5.5 结点资源抢占命令 YHALLOC 21 5.6 任务取消 YHCANCEL 22 5.7 备注 22 6 常见上机问题（FAQ） 24 6.1 常见问题汇总24 6.2 常见问题解决方案25 1 登录 1.1 VPN 验证 在获得 VPN 账号和系统账号后，Windows SSL-VPN 验证请按照如下步骤进行安全链 接： Step 1：使用 IE 浏览器打开 VPN 登录地址，点击网页右上角 “SSLVPN文件下载”， 下载并安装运行； Step 2：使用 IE 浏览器打开 VPN 登录地址，输入 VPN 账号和密码，保持网页打开 状态。 注意： 1）SSLVPN 登录地址：7:6443。 2）关闭windows 自带防火墙以及安全软件。 3）如您的网络环境中有防火墙设备，请联系网管确认开放源端口和目的端口。 4）首次 SSLVPN 账号登录成功后，需要安装自动加载的客户端软件。 5）用户所使用的网络环境如果有其他防火墙设备，需联系自己网络的管理员开放 TCP 64