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了解Ensembl多少
Ensembl介绍
林建南
内容
Ensembl基因注释过程
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Ensembl基因注释过程
Ensembl是EMBL-EBI和WTSI 共同开发和维
护的一个软件系统
准确,全自动
使用必威体育精装版的基因组序列数据
基因注释的数据来源
必威体育精装版的基因组数据(大部分是动物)
UniProt/Swiss-Prot和UniProt/TrEMBL蛋白序
列
NCBI RefSeq蛋白和核酸序列
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Ensembl基因分类
known genes
用本物种的蛋白和cDNA序列对本物种的基因组比对定位确定
的基因
novel genes
用相近物种的蛋白和cDNA序列对本物种的基因组比对定位确
定的基因
Ensembl就是一个开源,全自动的基因注释软
件系统
有很多网站和项目就使用Ensembl这套软件系
统
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Species
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信息概要
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链接到 ‘Vega’ 网站
Ensembl EPO 基因
‘ENSG00000130427’
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Human gene: ENSG00000130427
Human protein: ENSP00000252723
Human transcript:ENST00000252723
Mus musculus gene: ENSMUSG00000029711
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