基因功能与通路分析技术.pdf

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基因功能与通路分析技术

基因功能与通路分析技术 主讲人:李春权 Cancer information flow :Two lines Life line: + ways 病前期 早期 中期 晚期 终末期 Mechanism line: Analysis ways : Single( SNP/Gene /Tf/miRNA…) multi- ( SNP/Gene /Tf/miRNA…) system 功能模块 代谢通路 内容目录 • 功能数据库和通路数据库简介√ • 疾病风险基因的功能注释及通路注释 • 疾病风险基因集合的功能富集分析 • 疾病风险子通路识别方法 葡萄糖代谢通路 葡萄糖 6-磷酸葡萄糖 6-磷酸果糖 1,6-双磷酸果糖 2-磷酸甘油酸 3-磷酸甘油醛 烯醇化酶 1,3-二磷酸甘油酸 磷酸烯醇式丙酮酸 3-二磷酸甘油酸 丙酮酸激酶 丙酮酸 http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?org_name=rnmapno=00010mapscale=1.0show_description=show 非代谢通路(信号转导通路等) 激活 磷酸化 MAPK通路 绑定/相关 http://www.genome.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04010.html 节点间的各种关系 通过这些详细的互作 关系,我们能够 更清晰的了解通路! http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html Detail: http://www.genome.jp/kegg/xml/docs/ 泛素化 激活 去磷酸化 抑制 绑定/相关 磷酸化 http://www.genome.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04630.html 通路数据库 KEGG http://www.genome.jp/kegg/ 其它通路数据库: biocarta / wikipathways /index.php/WikiPathways Reactome /ReactomeGWT/entrypoint.html

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