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基因功能与通路分析技术
基因功能与通路分析技术
主讲人:李春权
Cancer information flow :Two lines
Life line: + ways
病前期 早期 中期 晚期 终末期
Mechanism line:
Analysis ways :
Single( SNP/Gene /Tf/miRNA…) multi- ( SNP/Gene /Tf/miRNA…) system
功能模块 代谢通路
内容目录
• 功能数据库和通路数据库简介√
• 疾病风险基因的功能注释及通路注释
• 疾病风险基因集合的功能富集分析
• 疾病风险子通路识别方法
葡萄糖代谢通路
葡萄糖
6-磷酸葡萄糖
6-磷酸果糖
1,6-双磷酸果糖 2-磷酸甘油酸
3-磷酸甘油醛
烯醇化酶
1,3-二磷酸甘油酸
磷酸烯醇式丙酮酸
3-二磷酸甘油酸
丙酮酸激酶
丙酮酸
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?org_name=rnmapno=00010mapscale=1.0show_description=show
非代谢通路(信号转导通路等)
激活 磷酸化
MAPK通路
绑定/相关
http://www.genome.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04010.html
节点间的各种关系
通过这些详细的互作
关系,我们能够
更清晰的了解通路!
http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html
Detail:
http://www.genome.jp/kegg/xml/docs/
泛素化
激活
去磷酸化
抑制
绑定/相关
磷酸化
http://www.genome.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04630.html
通路数据库
KEGG http://www.genome.jp/kegg/
其它通路数据库:
biocarta /
wikipathways /index.php/WikiPathways
Reactome /ReactomeGWT/entrypoint.html
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