同源模建和分子对接研究HDACl_HDAC8的选择性.pdf

理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao) 1676 A cta Phys. Chim. Sin., 2010, 26(6) ：1676-1686 June [Article] 同源模建和分子对接研究HDAC1/HDAC8 的选择性 媛1,2 陈亚东1, 尤启冬2, 邹丽云1,2 杨 燕2 (1 中国药科大学基础部, 南京 210009; 2 中国药科大学药 化学教研室, 南京 210009) 摘要： 组蛋白去乙酰化酶(HDACs)是近年来治疗肿瘤的重要靶标之一. 由于HDACs 包含多种亚型, 且各亚型 的生理功能存在一定的差异, 其选择性抑制剂的开发已成为当前的研发热点. 我们通过同源模建的HDAC1 结 构, 与已有的HDAC8 晶体结构的活性位点进行比较分析, 探讨了对两者选择性有重要影响的残基, 为基于受体 的选择性抑制剂研究提供重要信息. 同时选择了52 个HDAC 抑制剂, 分别建立了HDAC1、HDAC8 的活性值与 对接打分值的线性回归模型. 所建的HDAC1 和HDAC8 的线性构效关系模型的非交叉验证系数R2 分别为0.82 和0.80, 表明具有一定的统计学意义. 利用所建模型对已设计合成的化合 进行了预测, 预测结果对HDAC1 、 HDAC8 选择性抑制剂的优化改造提供了一定的指导意义. 关键词： 分子对接; 组蛋白去乙酰化酶; 同源模建; 线性回归 中图分类号： O641 Homology Modeling and Molecular Docking Studies on the Selectivity of HDAC1/HDAC8 ZHANG Yuan1,2 CHEN Ya Dong1, YOU Qi Dong2, ZOU Li Yun1,2 YANG Yan2 1 ( Basic Science School, China Pharmaceutical University, Nanji ng 210009, P. R. China; 2Department of Medicinal Chemistry, China Pharmaceutical University, Nanji ng 210009, P. R. China) Abstract ： Histone deacetylases (HDACs) have emerged as important anti tumor targets in recent years. As HDACs comprise multiple isoforms and there are different physiological functions among various isoforms, the development of selective HDAC inhibitors has attracted a great deal of attention. This study focused on the discovery of selective HDAC1, HDAC8 inhibitors and specifically a hom