紫背天葵高通量转录组测序分析.pdf

园艺学报，2016 ，43 (5) ：935 –946. Acta Horticulturae Sinica doi ：10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0140；http ：//www. ahs. ac. cn 935 紫背天葵高通量转录组测序分析 1,2 1 1,* 1,2 1 1 1 张少平 ，洪建基 ，邱珊莲 ，郑云云 ，张 帅 ，吴松海 ，何炎森 ， 郑开斌1,2 ，郑加协1 1 2 （福建省农业科学院亚热带农业研究所，福建漳州 363005 ； 福建省农业科学院作物研究所，福州 350013 ） 摘 要：为探讨紫背天葵（Gynura bicolor ）花青素等物质合成的遗传基础，采用高通量测序技术 （Illumina HiSeq 2500 ）对其嫩叶进行转录组测序，共获得21 387 624 个序列读取片段（reads ），将测序数 据进行序列组装后，获得 33 314 个单基因簇（Unigene ），其中超过 1 kb 的 7 792 个 Unigene 中共检测到 2 387 个 SSR 位点。对所得Unigene 进行不同数据库注释，22 048 和 14 417 个Unigene 分别在Nr 和 SwissProt 数据库有同源比对信息，并发现有 29 个 Unigene 与花青素合成相关；Pfam 功能注释到 13 909 个 Unigene 分为 5 198 类相关蛋白功能区域，有 12 个 Unigene 涉及到花青素合成；GO 注释到 11 613 个 Unigene 分为 细胞组分、分子功能及生物学过程等 3 大类 51 个功能组，有 24 个 Unigene 与花青素合成有关；COG 注 释到的 6 589 个 Unigene 功能系统分为 24 类，而 KOG 注释到的 13 498 个 Unigene 功能系统分为 25 类； 以KEGG 数据库为参考，将 4 466 个 Unigene 定位到 108 个代谢途径分支，其中有 47 个 Unigene 与类黄 酮生物合成相关。 关键词：紫背天葵；转录组；测序；基因分析；功能注释 中图分类号：S 567 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2016 ）05-0935-12 Sequencing and Analysis of the Transcriptome of Gynura bicolor 1,2 1 1,* 1,2 1 ZHANG Shao-ping ，HONG Jian-ji ，QIU Shan-lian ，ZHENG Yun-yun ，ZHANG Shuai ， WU Song-hai1 1 1,2 1 ，HE Yan-sen ，ZHENG Kai-bin ，and ZHENG Jia-xie 1 （Subtropical Agriculture Research Institute ，Fujian Academy of Agricultural Sciences ，Zhangzhou ，Fujian 363005， 2 China； Crop Sciences Institute，Fujian Academy of Agricultural Sciences ，Fuzhou 350013，China）