拟南芥ccaat-hap3基因家族分析-abc.pdf

拟南芥CCAAT-HAP3基因家族分析 徐礼鸣，边洋，李晶，付立文 2008-6-16 研究背景 花花 种子种子 维管维管 Three key innovations of land plants Life histories of seed plant and fern desiccation Storage maturation accumulation WT lec1 (leafy cotyledon1) Seed plants 合子 ferns 胚 研究背景 拟南芥基因组中CCAAT-HAP3 基因家族共有10 个成员，LEC1 和L1L 属于LEC1-type ，另外8 个 属于non-LEC1-type ，不具有LEC1 基因的功能， (Kwong et al., 2003) 。 从蛋白序列上看，与所有的HAP3 一样，LEC1 中部有一个保守的B 区(B domain)，N 端和C 端 分别有一个不保守的A 区(A domain)和C 区(C domain) 但LEC1 和L1L 在B 区有16 个氨基酸残基与该家 族其它的成员不同，这些残基与LEC1 的功能有 重要关系。 研究目标 研究LEC1基因在拟南芥中的进化，分析 其进化地位 分析LEC1型基因和非LEC1型基因编码蛋 白的主要差异，寻找关键的变异位点 研究方法 LEC1基因在拟南芥中的进化 收集拟南芥中所有10个HAP3家族的基因 和所有可变剪切体 分析这些可变剪切体的特性，进行蛋白 序列的取舍 分析序列特征，获取基本序列特征信息 寻找合适的外类群建树，分析LEC1基因 在拟南芥中的进化 研究方法 LEC1型基因和非LEC1型基因编码蛋白的主要 差异 多序列比对，MEME分析，寻找保守motif ， 建立motif 的系统发育树 对于保守Motif进行Blast分析，寻找保守结 构域 对Motif进行多序列比对，寻找可能的引起 功能变化的位点 实验验证 三维结构验证 数据收集 Gene No Name TAIR ID RefSeq ID N GenPet ID L Gene ID Symbol 1atlec1a LEC1 AT1G21970.1 NM_102046.4 2NP_173616.2 238 838800 2atlec2a L1L AT5G47670.1 NM_124141.3 2NP_199578.2 234 834818 3atlec2b L1L AT5G47670.2 NM_001085258.1 1NP_001078727.1 205 834818 4 atlec3a AT1G09030 AT1G09030.1 NM_100774.1 1NP_172377.1 139 837424