序列比对基础与BLAST入门(打分矩阵).pptVIP

小鼠与大鼠的 RBP 小鼠与细菌的lipocalin 近缘关系比对 远缘关系比对 五、PAM与BLOSUM的比较 矩阵( Matrix ) 为了研究方便，在数学中常把表中的说明去掉，将上表简化为如下的矩形数表： 由3×4个数组成的一个3行4列的矩形表格。此表在数学上称为矩阵（纵横排列的二维数据表格）。 核酸打分矩阵 ----AT--GCAT--GCATGC--ATGCATATATATATAT----ATATAT----GCATGCATGCATGCATGC | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CGATCG--ATCG--AT--CG--------ATATATATATATGCATATATATGCATGCATGCATGCAT 上述序列比对过程中，只考虑了碱基的同一性，即两个序列之间完全相同的匹配碱基数目。 可以把这种只考虑碱基同一性的矩阵理解为一个分数值为1和0的分数矩阵，即相同残基的分数值为1，不同残基的分数值为0。 用于核酸比对的简单打分矩阵 A C G T A 1 0 0 0 C 0 1 0 0 G 0 0 1 0 T 0 0 0 1 A C G T A 5 -4 -4 -4 C -4 5 -4 -4 G -4 -4 5 -4 T -4 -4 -4 5 单一打分矩阵 BLAST打分矩阵 蛋白质打分矩阵 保守性替换（conservative substitution） 通常在某些位点上有一些氨基酸被另外一些理化特性相似的氨基酸所代替，这种突变可称为保守性替换。保守性替换一般不会影响蛋白质的结构和功能。 与核苷酸序列比对不同，氨基酸序列比对不仅要考虑残基是否相同，还要考虑残基是否相似以及相似的不同程度。 LAAWAAAERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPE | |. | : |||| | : ALALTCGAQALIVT..QTMKGLDIQKVAGTWYSLAMAASD 1.极性中性氨基酸 （亲水，含羟基） 2.碱性氨基酸 氨基酸分类 alanine 丙氨酸 Ala A valine 缬氨酸 Val V leucine 亮氨酸 Leu L isoleucine 异亮氨酸 Ile I phenylalanine 苯丙氨酸 Phe F proline 脯氨酸 Pro P methionine 甲硫氨酸 Met M glycine 甘氨酸 Gly G tryptophan 色氨酸 Trp W serine 丝氨酸 Ser S tyrosine 酪氨酸 Tyr Y cysteine 半胱氨酸 Cys C asparagine 天冬酰氨 Asn N glutarmine 谷氨酰胺 Gln Q threonine 苏氨酸 Thr T aspartic acid 天冬氨酸 Asp D glutarmic acid 谷氨酸 Glu E arginine 精氨酸 Arg R histidine 组氨酸 His H lysine 赖氨酸 Lys K 非极性疏水性氨基酸 极性中性氨基酸 酸性氨基酸 碱性氨基酸 （芳香族氨基酸F、W、Y ） （含硫氨基酸C、M ） 王镜岩编《生物化学》（第三版）第127页 果蝇 GAKKVIISAP SAD.APM..F VCGVNLDAYK PDMKVVSNAS CTTNCLAPLA 人类 GAKRVIISAP SAD.APM..F VMGVNHEKYD NSLKIISNAS CTTNCLAPLA 植物 GAKKVIISAP SAD.APM..F VVGVNEHTYQ PNMDIVSNAS CTTNCLAPLA 细菌 GAKKVVMTGP SKDNTPM..F VKGANFDKY. AGQDIVSNAS CTTNCLAPLA 酵母 GAKKVVITAP SS.TAPM