Clustalx进化树使用.ppt

Clustalx的使用 多种软件构建发育树 Clustal Mega Phylip等 序列相似性比较和序列同源性分析 序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等； BLAST ITS序列（内转录间隔区）包括ITS1-5.8S-ITS2 GGATCCCTTCCTCCGCTTATTGATATGCTTAAGTTCAGCGGGTATCCCTACCTGATCCGAGGTCAAAAGTTGAAAAAAAGGCTTAGTGGATGCTAGACCTTTGCTGATAGAGAGTGCGACTTGTGCTGCGCTCCGAAACCAGTAGGCCGGCTGCCAATTACTTTAAGGCGAGTCTCCAGCAAAGCTAGAGACAAGACGCCCAACACCAAGCAAAGCTTGAGGGTACAAATGACGCTCGAACAGGCATGCCCTTTGGAATACCAAAGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATTCACTGAATTCTGCAATTCACACTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCCAGAACCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTGTAATTATTAATTTGTTACTGACGCTGATTGCAATTACAAAAGGTTTATGTTTGTCCTAGTGGTGGGCGAACCCACCAAGGAAACAAGAAGTACGCAAAAGACAAGGGTGAATAATTCAGCAAGGCTGTAACCCCGAGAGGTTCCAGCCCGCCTTCATATTTGTGTAATGATCCCTCCGCAGGTTCCCCCTACGGAAG 结果页面 打开其中的一个序列 ClustalX Bootstrap法就是从整个序列的碱基（氨基酸）中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样，一个序列就可以变成了许多序列。一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。 根据某种算法（最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法）每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较，按照多数规则（majority-rule）我们就会得到一个最“逼真”的进化树 上面这个发育树是没有进化距离的，所以应该进行进一步的分析 谢谢 * * NCBI主站点： /BLAST 填入查询（query）的序列 将blast得到的序列中选取数个，复制保存在文本文档中：*.txt ITS原序列 菜单栏 名字栏 序列栏 点击菜单栏里面的“File”，选择“Load Sequence”。导入已保存的序列 现在开始做多重比对。选择菜单栏里面的“Alignment”，然后点击“Do Complete Aligenment”。 Clustalx要运行一段时间，十几秒 表示一致性，值越大一致性越高 距离建树方法：相邻连接方法（NJ，neighbor joining） Draw N-J Tree Bootstrap N-J Tree 得到四个不同格式文件： *.aln：序列比对结果 ，可以做进一步的分析 *.dnd：输出的指导树文件 *.ph：N-J tree *.phb：评价后的最“逼真”的树 首先安装treeview软件 上面所框的Njplot.exe文件可以用来显示进化距离，打开这个文件， * *