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如何利用BankIt向NCBI在线提交序列日期：2013-03-07 来源：网络作者：青岚点击：1352次摘要：向NCBI提交序列常用的方法有两种，其一是在线提交的BankIt，其二是用软件Sequin。在此结合网络牛人实际操作经验来总结下如何通过BankIt在线提交DNA或RNA序列，供参考。向ncbi提交序列常用的方法有两种，其一是在线提交的BankIt，其二是用软件Sequin。在此结合网络牛人实际操作经验来总结下如何通过BankIt在线提交DNA或RNA序列，供参考。1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果，包括序列全长大小，开放阅读框(ORF)的长度、位置及特定ORF序列翻译的氨基酸序列等基因水平的信息，这对于接下来的快速准确提交序列及提交成功后为全世界其他作者准确全面分享此类信息很重要;2.登陆BackIt站点，注意到页面右边的“Sign in to use BankIt”标签，点击登录进入。如果没有账号就注册一个(注意，此账号与NCBI账号不通用)。附注册账号步骤，需要填写的项目为：Title：你的职位或头衔First name：名last name：姓login：登陆名Affiliation：所属机构地址，一般填写自己学校地址E-mail Address：通信电邮，填完后会发随机密码到此电邮地址，使用随机密码进行登陆，当然登陆后可对密码进行重置;3.登陆BankIt，看到如下图所示界面，此时NCBI会自动分配一个SubmissionID，但不是最终的提交序列ID：接下来共有九个步骤(好事多磨)：3.1 Contact InFORMAtion填写个人姓名、机构、电邮等资料集联系方式，如果错误该页会有ERROR提示直到正确填写，填写完毕点击CONTINUE;3.2 Reference填写参考作者信息(Reference author)及序列相关信息，比如该序列是否对应有文章，如单纯提交序列则只需选择Unpublished即可(Reference title项可以填入“Direct Submission”)，有的话就填写已发表文章的信息(卷、期等)，接下来会问你该序列的提交者是否是序列的发现者等信息，填写完毕点击CONTINUE;※提示：新版的BankIt中，接下来会有“Sequencing Technology”一项，呈现有454、Illumina、SOLiD及Other等测序方法选择，目前为“Sanger dideoxy sequencing”即一代测序方法测序，并且所提交的序列均为“assembled sequences”，目前的“assembly program”为“Lasergene，version 7.0”。3.3 Nucleotide包括三个小项：Submission Release Date(期望NCBI什么时候公布你的序列)、16S rRNA submissions(该序列是否为16S rRNA)、Sequence(s) and Definition Line(s)(会提示问你该序列是否为全长genomic DNA、线状或环状等、序列长度，需要复制序列或提交FASTA格式文件)，如若序列长度与复制序列或FASTA文件长度不同则会有提示，需要重新提交序列，依次选择即可。一般选择“Immediately after Processing”，“非16S rRNA”，“genomic DNA”，“circular”，“complete”等信息，然后将全序列粘贴到下方的空格中，别忘了在上方写上总核苷酸数。完后审查看有没有错误，继续CONTINUE;3.4 Organism填写Organism(病原物)的名字，即序列公开显示时候的标题(如MYVYNV分离物序列“Malvastrum yellow vein Yunnan?virus?isolate SC226-5, complete genome)，点击CONTINUE后会出现自动检索项目，核对后(有可能会进行选择)继续CONTINUE;3.5 Submission Category提交范畴，是否直接提交或通过第三方Annotation提交(不是太清楚什么意思，可能指的是从EMBL和DDBJ中导入的数据吧)，一般为直接提交，如下图示选择Original，继续CONTINUE;3.6 Source modifier选择该病原物的种类，比如质粒、线粒体等;Source modifier下拉菜单及后面的Value设置：进一步选择该病原物获取信息，比如Country、Host、Clone、Collection date、Strain/Isolate等，至少三项(Organelle/Location为细胞器/位置，该项可以