在NCBI数据库里如何找到启动子序列.docx

最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对……，这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI的使用：Part one： 如何查找基因序列、mRNA、Promoter （第一页）Part two ：如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列（第一页）Part three ：运用STS查找已经公布的引物序列（第二页）Part four： 如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性（第三页）Part Five：5.1 从SNP的序列号入手找到其对应的基因序列和该SNP在基因组中的具体位置。5.2 查找目的基因的所有已公布SNP位点（第四页） 如果您感觉网页形式看起来太乱，请到 /bbs/post/view?bid=64id=9681760sty=1tpg=2age=0/bbs/post/view?bid=64id=9681760sty=1tpg=2age=0 下载PDF版本（此PDF版本为我实验室的lzfist所整理，包含前四部分内容）特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充。First of all，还是让我们从查找基因序列开始。Part one: 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter）[同一个页面即可显示基因序列和启动子]下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤一、打开Map viewer页面，网址为：/mapview/index.html在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：二、点击“GO”出现如下页面： /profile/urbest37/profile/urbest积分/profile/urbest85/profile/urbest得票/friend/urbest15/friend/urbest粉丝javascript:void(0)加关注 三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。 四、点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的Genes seq，出现新的页面，页面下方为： ? /profile/urbest37/profile/urbest积分/profile/urbest85/profile/urbest得票/friend/urbest15/friend/urbest粉丝javascript:void(0)加关注 javascript:void((function()%7bvar%20href%20=%20/bbs/thread/9572691;%20if(window.clipboardData)%20%7b%20clipboardData.setData(Text,%20href);%20alert(复制成功,请粘贴到你的QQ/MSN上推荐给你的好友！);%20%7d%20else%20%7b%20prompt(你使用的是非IE核心浏览器，请按下%20Ctrl+C%20复制代码到剪贴板,%20href);%20%7d%7d)())javascript:void((function()%7bvar%20title%20=%20回复：【原创】一步一步教你使用NCBI,%20href%20=%20/bbs/thread/9572691;%20var%20api%20=%20/share/share.php?appkey=1611508056%20+%20title=%20+%20encodeURIComponent(title)%20+%20url=%20+%20encodeURIComponent(href)%20+%20content=%20+%20(document.charset%20||%20gbk);%20window