gaussview使用教程1.ppt

Gaussview基础 Gaussview是一种绘图工具，可以帮助用户输入Gaussian文件，检查输出文件的图形。Gaussview主要有以下三个用处： 1、大分子的构型，并通过简单的鼠标操作旋转，转换和移动分子。 2|、 Gaussview可使Gaussian输入文件的建立变得非常简单，Gaussview拥有先进的可视化工具，可使用户迅速画出包括各种常规的计算任务和高级方法的计算。 3、Gaussview提供了一系列绘图工具检查Gaussian的计算结果。 这些Gaussian计算结果包括： 优化的分子构型 分子轨道 电子密度面 静电势能面 磁学性质面 原子电荷 简振模式振动频率的三维图形 IR,Raman,NMR,VCD及其他光谱 集合构型的三维图形，IRC反应路径，势能面扫描，ADMP和BOMD曲线 鼠标动作 左键 单击-选择或插入 向左/右拖动-绕Y轴旋转 向上/下拖动-绕X轴旋转 中键 拖动-移动分子 右键 向左/右拖动-绕Z轴旋转 向上/下拖动-放大或缩小分子 在空白区单击-显示快捷菜单 File选项 New 打开新窗口 New-Create Molgroup 打开新的空窗口 New-Add to Molgroup 在当前活动窗口添加新窗口 Open 打开文件 Save 保存当前视窗的分子构型 Print 打印当前视窗的分子构型 Save Image 制作当前视窗图形文件 Preferences 修改Gaussview的默认选项 Exit 关闭所有Gaussview窗口并退出 Eidt选项 Undo 撤销输入，保留此前的输入 Redo 撤销Undo操作 Cut 剪切当前选项到剪贴版 Copy 复制当前选项到剪贴版 Paste 从剪贴版复制到当前模型 Paste-Replace Molecule 移动当前分子到剪贴版 Paste-Append Molecule 将剪切版中的分子粘贴到当前窗口 Paste-Add to Molecule Group 在当前视窗中添加新窗口，并将剪切版中的分子粘贴新窗口 Delete 删除当前选项 Image capture 复制当前窗口到剪贴版 Atom list 编辑分子坐标及参数 Redundant coord editor 对Gaussian中Modredundant选项指认冗余内坐标 Connection editor 指认两个相关分子间原子的联系（如OST2 和OST3输入文件） Select layer 对ONIOM计算将原子分层 Point group 指认、确定当前模型的对称性 PBC 创建和修正周期性结构的晶格单元 MOs 观看，并对分子轨道站举行进行重新排序和修正 Symmetrize 对当前模型应用分子点群对称性 Rebond 以间距算法为基础确认原子间距离 Clean 根据默认的规则调整分子几何构型 View选项 Add new-创建含有当前窗口分子的独立新窗口 Center-分子居中 Builder-关闭/打开工具栏 Hydrogens-控制氢原子的显示 Lables-显示原子标号 Symbols-显示原子种类 Bonds-显示化学键 Synchronize-同步处理 Cartesian Axes-显示直角坐标系 Display Format-显示设置 元素板块 在周期表中选择元素种类，以及原子的成键方式 端基板块提供了一些列已经过AM1方法优化的端基碎片，默认端基为羰基。 环形板块提供了一系列AM1方方优化后的环形结构，默认环为苯。 生物分子下拉菜单可选择所需的是氨基酸或核苷。 当选择氨基酸时，左边下拉菜单可选择氨基酸种类，右边下拉菜单选择分子片断作为中间部分、氨基端或酰基端。这样就制定了氨基酸的种类。 当选择核苷时，左边下拉菜单选择DNA的种类。 Displacement选项指认当键长改变时，原子所连接的基团的变化。 Translate Atom：只移动原子，所连接基团的位置不变。 Translate Group：原子所连接基团的位置随原子改变（即看作一个整体）。 Fixed：不允许原子或基团移动（只移动其他原子） 添加和删除化合价 The Add Valence Button可以在指定中心原子上添加氢原子改变化合价。要求添加的氢原子与其他和中心原子相连的基团的距离达到最远。同样，The Delete Atom Button 删除原子降低化合价。使用时会删除所选原子以及与其相连的氢原子，也可用来删除悬空的键。 The Angle and dihedral SmartSlide 下图为测量键角的对话框， 二面角对话框与其类似，但displacement只能选择原子1和原子4。 Displacement选项指认当键角改变时，原子所连接的基