中科大 Materials Studio 培训教程14（包你学会）请将这一系列全看完，一定有收获。.ppt

* The atomic orbitals χμ are called the atomic basis functions and the Ciμ are the MO expansion coefficients. Eq.13 ???? Eq. 3 Eq. 4 Unlike the MOs, the AOs are not orthonormal. This leads to a reformulation of the Fourrier transform Eq. 10 in the form: Eq. 14 Eq. 12 SCF procedure－迭代求解 Eq.14： 1. 选择一套系数 Ciμ. 2. 由??、 Ciμ 构造一套初始分子轨道(MOs)?i. 3. 由Eq.4 得到ρ. 4. 用ρ构造 Ve 和 μxc. 5. 构造哈密顿矩阵Hμν. 6. 解 Eq.14得到一套新的系数 Ciμ. 7. 由??、 Ciμ构造新的 ?i 和新的ρ. 可见??的重要。 8. 如果 ρnew = ρold, 由Eq.12 计算总电子能量Et， 计算结束。 9. 如果 ρnew ≠ ρold, 返回步骤 4，继续计算。 SCF procedure－迭代求解 Eq.14： 1. 选择一套系数 Ciμ. 2. 由??、 Ciμ 构造一套初始分子轨道(MOs)?i. 3. 由Eq.4 得到ρ. 4. 用ρ构造 Ve 和 μxc. 5. 构造哈密顿矩阵Hμν. 6. 解 Eq.14得到一套新的系数 Ciμ. 7.由??、 Ciμ构造新的 ?i 和新的ρ. 可见??的重要。 8. 如果 ρnew = ρold, 由Eq.12 计算总电子能量Et，计算结束。 9. 如果 ρnew ≠ ρold, 返回步骤 4，继续计算。 使用DMol3 中的离域内坐标对固体进行几何优化 DMol3 的面向分子的离域内坐标优化机制为大分子系统提供了一套良好的方案。在MS Modeling 的DMol3 中，这个机制被扩展到周期性系统。 这个基于离域内坐坐标的新型优化工具还有能力处理以下体系： ?? * 高配位体系，比如密堆积固体。 ?? * 片断系统，比如分子晶体，其中的内坐标并不是遍及整个优化空间。 ?? * 优化过程中，部分进行了的迪卡尔坐标限制的体系。 自身效率工作表明，对周期性体系而言，这个艺术级(state-of-the-art)的离域内坐标优化方案的效率要比迪卡尔坐标方法高出2-5 倍，而迪卡尔坐标方法是现在进行固态计算的标准方法。 在这部分讲义中，将介绍如何利用DMol3 的的离域内坐标方法，对沸石结构进行几何优化。内容 ?? 1. 开始－建立名为chabazite的Project，输入沸石结构 2. 建立DMol3计算任务 ?? 3. 控制工作设置和运行计算任务 ?? 4. 使用服务器控制台控制计算任务 ?? 5. 检验计算结果 目的：介绍volume visualization工具和离域内坐标在周期体系中的应用模块： Materials Visualizer, DMol3前提： 简单分子的绘制，用DMol3计算带结构和态密度 作业1：解释迪卡尔坐标Cartesian，内坐标internal coordinates ，离域内坐标delocalized internal coordinates 1. 开始－建立名为chabazite的Project，输入沸石结构 a. 运行MS程序，选择Create a new proj，单击“确定”按钮。 b. 找到Class 7文件夹，写入Chabazite，单击OK按钮。这样就在Project Explorer中建立了名为chabazite的Project。 注：若MS已打开运行，则用File / New Project…另外建立一个名为chabazite的Project。 在D disk中建立Class 7文件夹。 下一步是输入需要进行优化的沸石zeolite的结构。MS Modeling 提供了许多现成的沸石结构。本例中，将优化菱沸石(chabazite) 。 从工具栏选择File \ Import，打开Import文件对话框，找到Examples\Documents\3D Model\CHA.xsd ，然后点击输入文件对话栏上的Import 按钮。 双击 A unit cell of chabazite 在3D 浏览器中右击鼠标，选择Display Style，把显示方式改为Polyhedron。关闭对话栏。 2. 建立DMol3计算任务