生物学工具箱.doc

计算生物学工具箱?TOOL BOX FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY 综合数据库： 最权威的生物信息学网址链接：http://www.bioinformatics.vg/index.shtml 生物信息学网址链接：http://www.bioinformatics.ca/links_directory/ Nucleic Acid Research Database Issue: /content/vol32/suppl_2/ 一、蛋白相关数据库 蛋白质结构域预测工具 Esignal /esignal/ ?评：信号传导系统蛋白的结构域预测工具，凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳。SignalP http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ ?评：信号肽预测工具，适合定位于非胞质位置的蛋白质Emotif /emotif-search/ 评：结构域预测工具，由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型，故预测效果比Prosite好。Ematrix /ematrix/ ?评：是用Matrix的方法创建的结构域数据库，可与emotif互相印证。其速度快，可快速有哪些信誉好的足球投注网站整个基因组。InterPro http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/ ?评：EBI提供的服务，用图形的形式表示出有哪些信誉好的足球投注网站的结构域结果TRRD http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ ?评：转录因子结构域预测的最好数据库。但不会用。Protscale /cgi-bin/protscale.pl 评：※可分析该序列的各种性状如活动度,亲水性(Kyte Doolittle),抗原性（HoppWoods)等　 通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能 A. MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断，其概念比Domain小。 ?PROSITE：/tools/scanprosite/? 是专门有哪些信誉好的足球投注网站蛋白质Motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息 B. Domain：若干motif可形成一个Domain，每个Domain形成一个球形结构，Domain与Domain之间通常像串珠一样相连。 ?Pfam: http://www.sanger.ac.uk 可以有哪些信誉好的足球投注网站某段序列中的Domain，并以图形化表示出来。这个数据库非常重要。用法：在有哪些信誉好的足球投注网站栏中输入蛋白的swissprot的序列号。 ?CDD: NCBI有哪些信誉好的足球投注网站时在每个蛋白质Link旁都有Blink，Domains两个链接。Domains可以直接看到这个蛋白的确定的结构域。如果要在CDD数据库寻找Domain信息，则可进入Blink链接，再进行CDD有哪些信誉好的足球投注网站，就可以了。看Domain的详细信息可以到：http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 上进行有哪些信誉好的足球投注网站查看。 蛋白跨膜序列分析 kyte-Doolittle疏水性分析：每个等于或高于1.8的峰都可能是跨膜结构域。 蛋白质结构预测工具 PREDATOR: http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html 蛋白质二级结构预测工具。 蛋白质糖基化位点的预测 http://bioresearch.ac.uk/browse/mesh/C0017982L1222670.html 这是个综合连接。包括：DictyOGlyc prediction server，NetOGlyc prediction server，YinOYang server，META II PredictProtein server，O-GLYCBASE，GlycoMod tool 蛋白质结构数据库 MMDB: /Structure/MMDB/mmdb.shtml NCBI的蛋白质结构数据库，要使用Cn3D v4.1软件观看。PDB: /pdb/ Protein Data Bank, 要使用Swiss PDB viewer软件观看。 蛋白质综合数据库 PIR: /??Uniprot / 二、核酸相关数据库 RNA二级结构及非编码区功能预测： RNA二级结构预测：http://www.genebee.msu.su/services/rna2_reduced.html ，速度快，生成图像。最好的RNA二级结构预测软件：mfoldUTR功能区预测：r.it/BIG/UTRHome/? 预测mRNA翻译能力的在线工具：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/programs/acts2/ma_mRNA.htm? 其说明书