血清反应因子结合位点在小鼠及人基因组中保守性、多样性及进化的(英文).pdfVIP

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2017-12-14 发布于河北
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血清反应因子结合位点在小鼠及人基因组中保守性、多样性及进化的(英文).pdf

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血清反应因子结合位点在小鼠及人基因组中保守性、多样性及进化的(英文)

1821 现代生物医学进展 Progress in Modern Biomedicine Vol.11 NO.10 MAY.2011 · · Serum Response Factor Binding Sites in Human and Mouse Genome: Conservation Diversity and Evolution* ， 1△ 2 1 1 SHEN Xia , WU Wen -wu , TAN Cong -e , FENG Ju -j un ( 1 College of Chinese traditional herb, Shaanxi university of Chinese medicine Shaanxi, China; 2 Bioinformatics Center, College of Life Science,Northwest AF University, Yangling, Shaanxi, China) ABSTRACT Obj ective: CArG cis-elements, short DNA consensus sequences that binding by serum response factors, are presently being intensively studied, but little is known about the sequence type and the evolutionary pattern of functional CArG elements. Methods: The present study was performed a genome-scale diversity and evolutionary analysis of the CArG element in the mammalian genome. Results :Diversity analysis showed that the sequences type of CArG element were significantly diverse in both human and mouse genomes. The main sequence types of CArG element were not entirely similar in the two genomes. Orthologous analysis indicated that functionally important CArG elements probably evolved from two different origins. Conclusion: The results presented here will fundamentally improve future CArG elements prediction, regulatory determinant pattern detection and analysis of SRF-dependent gene expression. Key words: CArG elements; Conservation; Diversity; Evolution; Bioinfo